[发明专利]一种等温扩增靶核酸序列的方法在审
申请号: | 202210436646.9 | 申请日: | 2022-04-25 |
公开(公告)号: | CN114592037A | 公开(公告)日: | 2022-06-07 |
发明(设计)人: | 李望丰;唐云轩;黄盈;张栋梁;郎小亮;李珊 | 申请(专利权)人: | 成都百思赛弗生物科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12N15/11;C12Q1/6888;C12Q1/6883 |
代理公司: | 北京超凡宏宇专利代理事务所(特殊普通合伙) 11463 | 代理人: | 任燕妮 |
地址: | 610200 四川省成都市*** | 国省代码: | 四川;51 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 等温 扩增 核酸 序列 方法 | ||
1.一种等温扩增靶核酸序列的方法,其特征在于,所述方法以非疾病的诊断为目的,其包括:
a、设计正向扩增引物F1和F2;其包括:
正向扩增引物F1和F2分别与靶序列T1和靶序列T2配对以延伸扩增,在正向扩增引物F1和F2的5’端分别设计有反向序列RS2和RS1,且所述RS2与所述靶序列T2的SD2序列互补;所述RS1与所述靶序列T1的SD1序列互补;所述SD2和SD1分别位于所述靶序列T2和所述靶序列T1的上游;
b、设计阻滞引物B1和B2;其包括:
在所述SD2和SD1的上游分别设计阻滞引物B2和B1,通过正向扩增引物F1和F2、阻滞引物B1和B2以使得核酸扩增延伸分别在SD1和SD2的下游位置时,延伸结束,完成首轮复制扩增;
c、设计正向扩增引物的剥离引物D1和D2;其包括:
在所述正向扩增引物F1和F2的上游分别设计正向扩增引物的剥离引物D1和D2,用于首轮扩增产物的置换获得首轮扩增产物的单链;
使首轮扩增产物头尾互补杂交后,形成Loop结构,为后续扩增准备模板;
d、根据所述靶序列T1和靶序列T2设计反向扩增引物R1和R2,以所述首轮扩增形成的Loop结构为模板进行扩增;
e、设计反向扩增产物的剥离引物RS1和RS2,将所述步骤d的扩增产物进行置换获得新的单链;使得新的扩增产物头尾互补杂交后,再次形成Loop结构;
f、将所述靶序列T1和靶序列T2以线性的方式或高级结构的方式进行扩增,通过扩增延伸—链置换—Loop形成—扩增延伸的模式,循环往复,使得两个扩增靶序列同步进行核酸扩增。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述方法中用于扩增所采用的酶选自DNA聚合酶和/或逆转录酶。
3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述方法中用于扩增所采用的DNA聚合酶选自如下酶中的至少一种:Bst DNA聚合酶,Klenow DNA聚合酶,T4DNA聚合酶,Taq DNA聚合酶,DNA聚合酶I,Vent DNA聚合酶,Phi29 DNA聚合酶,TneDNA聚合酶,Tma DNA聚合酶,PfuDNA聚合酶,KOD DNA聚合酶,Tfl DNA聚合酶,Tth DNA聚合酶,Stoffel片段DNA聚合酶和DEEPVENT DNA聚合酶。
4.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述方法中用于扩增所采用的逆转录酶选自如下酶中的至少一种:
M-MLV逆转录酶,AMV逆转录酶,RSV逆转录酶,RAV逆转录酶,MAV逆转录酶和HIV逆转录酶。
5.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述方法中用于扩增所采用的酶选自:
Bst DNA聚合酶和M-MLV逆转录酶。
6.根据权利要求1-5任一项所述的方法,其特征在于,所述方法中的扩增反应为恒温扩增;
优选地,在55-72℃下扩增;优选地,扩增时间为15-90min。
7.根据权利要求1-5任一项所述的方法,其特征在于,所述方法中阻滞引物B1和B2的3’端还设置有封闭基团;
优选地,所述封闭基团选自C3 Spacer,C6 Spacer,C12 Spacer,Spacer18、氨基、双脱氧、碱基倒置、BHQ1、BHQ2和MGB中的任意一种。
8.根据权利要求1-5任一项所述的方法,其特征在于,所述靶基因的数目为2的倍数;
优选地,所述靶基因的数目为2、4或6。
9.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述高级结构是指:扩增以二级结构、或以线性结构和二级结构混合的方式进行。
10.根据权利要求1-5任一项所述的方法,其特征在于,所述靶基因的核酸为DNA或RNA。
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