[发明专利]一种确定TAT细胞的方法

说明书

本发明提供了一种确定TAT细胞的方法。相对于非癌症相关T细胞，该TAT细胞预期与癌症细胞的特异性结合能力更强，预期杀伤癌症细胞的能力更高。同时，该TAT细胞中包含的TAT‑TCR序列也可用于或结合转录组信息用于癌症筛查，该方法灵敏度高、特异性强。仅需要采集受试者外周血标本，侵入性小且可利用的信息多，能对现有的肿瘤液体活检方法做出非常好的补充，且有潜力检测早期无症状肿瘤，将癌症诊疗一体化前置，具有重要的应用价值。

技术领域

本发明提供了一种确定血液中的TAT细胞的方法，涉及癌症治疗、筛查、检测与评估领域。

背景技术

肿瘤液体活检是当前癌症筛查领域极具前景的技术手段，能够以非侵入的方式采集患者样本，操作简便且对患者的创伤较小。过往基于血清癌症标志物、cell-free DNA(cfDNA)、circulating tumor cells(CTC)等进行肿瘤液体活检的技术手段，多是从肿瘤相关的特性出发，在肿瘤发展的早期无法被有效地检测到，信噪比很低。机体的免疫系统具有识别肿瘤抗原并将其消灭清除的作用，特别是T淋巴细胞介导的适应性免疫应答，能够迅速激活免疫反应，防止疾病进展。因此理论上T淋巴细胞的免疫应答是早于肿瘤发生的。

T淋巴细胞有两类重要的功能特征：第一类是T淋巴细胞表面特异性识别抗原和介导免疫应答的T cell receptor(TCR)受体分子，不同的TCR序列对于抗原信息的识别具有特异性。同一个样本内所有TCR受体序列的集合也称为TCR序列组库，能够反映机体的适应性免疫应答，从而间接表征疾病进程状态；第二类是在TCR序列识别抗原信息后激活细胞内的免疫信号通路，表现在T细胞基因转录组层面的变化。这两类特征相互偶联但又不完全相关，共同发挥适应性免疫应答的肿瘤杀伤功能。

由于肿瘤细胞高频的突变效应，在应对机体的免疫选择中会发生免疫逃逸的现象，因此机体中存在大量与肿瘤抗原识别无关的T细胞，也称为旁观者T细胞。现有的富集外周血中肿瘤特异性的T淋巴细胞需要事先构造肿瘤特异性的抗原肽段，然后利用体外刺激实验等策略去筛选能够和抗原肽段相互作用的T淋巴细胞。这样的方法通量低、实验繁琐且没有办法覆盖所有和肿瘤识别相关的T细胞。本发明则在血液中界定出一群肿瘤相关T淋巴细胞(Tumor Associated T cells,TAT)-TAT细胞，提高筛选方法的灵敏度。

本发明涉及利用外周血T淋巴细胞受体(TCR)序列组库以及转录组两方面特征，构建用于肿瘤筛查的预测模型，完全从免疫应答的视角去进行癌症的液体活检。本发明方法仅需要采集患者外周血标本，侵入性小且可利用的信息多，能对现有的肿瘤液体活检方法学做出非常好的补充，且有潜力检测早期无症状肿瘤，真正将癌症诊疗一体化前置，具有非常重要的应用价值。

发明内容

本发明通过分析确定出血液中的一类T细胞，将其命名为TAT细胞，该类T细胞具有的TCR也存在于同一受试者的肿瘤浸润的T细胞中。本发明进一步发现这一群TAT细胞具有较高的克隆增殖功能，可以反映外周血中肿瘤相关的T细胞群体，同时也预期具有更强的与肿瘤细胞特异性结合的能力。

在一个方面，本发明提供了一种TAT细胞，其包含TAT-TCR序列，所述TAT-TCR序列是在血液中的T细胞和肿瘤浸润的T细胞中共同存在的TCR序列；优选地，在一些实施方式中，TAT-TCR序列不是非癌症相关T细胞TCR序列。

在一个方面，本发明提供了一种确定TAT细胞的方法，其包括判断待确定T细胞的TCR序列是否为TAT-TCR序列，由此确定所述待确定T细胞是否为TAT细胞。

在一些实施方式中，确定TAT细胞的方法还包括获得TAT-TCR序列集，并且(1)判断待确定T细胞的TCR序列是否存在于所述TAT-TCR序列集中，由此判断待确定T细胞的TCR序列是否为TAT-TCR序列；或者(2)根据对所述TAT-TCR序列集进行计算产生的模型，判断待确定T细胞的TCR序列是否为TAT-TCR序列。