[发明专利]一种与杨树木材基本密度相关的SNP标记及应用

权利要求书

1.一种与杨树木材基本密度相关的SNP分子标记，其位于毛果杨基因组3.0版本参考序列16号染色体上第1,394,234bp处，存在A/T多态性。

2.根据权利要求1所述与杨树木材基本密度相关的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记的等位基因为A和T。

3.根据权利要求1所述与杨树木材基本密度相关的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记的等位基因对应的基因型为AA基因型和AT基因型。

4.与杨树木材基本密度相关的SNP分子标记的获得方法，包括以下步骤：

步骤1，提取杨树杂交群体发育木质部总RNA，并反转录为cDNA用于构建测序文库进行转录组测序；

步骤2，测定表型性状；

步骤3，进行基因分型；

步骤4，进行eQTL分析和热点分析，筛选关键位点。

5.根据权利要求4所述与杨树木材基本密度相关的SNP分子标记的获得方法，其特征在于：步骤1具体如下：

使用RNAprep Pure Plant Plus Kit试剂盒提取丹红杨×通辽1号杨杂交群体发与木质部的总RNA，每份样品中3μg的RNA，使用NEBNext R UltraTMRNA Library Prep Kit试剂盒构建测序文库制备；然后，在Illumina Hiseq平台上生成150bp的配对端读数；过滤原始序列，并使用TopHat v2.0.12绘制到参考基因组。

6.根据权利要求5所述与杨树木材基本密度相关的SNP分子标记的获得方法，其特征在于：步骤2具体如下：利用排水法测定木材的基本密度。

7.根据权利要求5所述与杨树木材基本密度相关的SNP分子标记的获得方法，其特征在于：步骤3具体如下：

使用GATK4.0软件，将杂交群体全基因组重测序数据和转录组数据比对到参考基因组识别唯一位点的SNPs，随后，将两个SNP数据集合并，按照以下标准过滤：①缺失率小于0.1；②最小等位基因频率大于0.05；③哈温平衡大于0.001；④个体SNP完整度大于0.95；⑤个体平均深度大于等于4；最终获得1 504 840个SNP数据，用于后续分析；使用ANNOVAR对鉴定到的SNP进行注释，即内含子、外显子、基因间区、UTR区；最终获得1 504 840个SNP。