[发明专利]用于评估肺癌状态的方法

权利要求书

1.系统，其包含：

(i)一个或多个计算机处理器；以及

(ii)与所述一个或多个计算机处理器联合的计算机可读介质，所述计算机可读介质储存多个指令，所述一个或多个计算机处理器执行所述指令以实施包括以下的步骤：

(a)测定来自受试者的生物学样品中的基因表达水平，其中至少部分基于对所述受试者的成像分析显示可疑的损害而怀疑所述受试者患有肺癌，并且

(b)处理所述基因表达，以确定所述受试者中所述可疑的损害与所述肺癌相关或者可能与所述肺癌相关；

其中所述生物学样品包含来自所述受试者的口、鼻、咽、气管或支气管的上皮细胞。

2.权利要求1的系统，其中所述成像包括计算机辅助断层摄影术、磁共振成像、超声波扫描术或胸部X射线。

3.权利要求1的系统，其中所述肺癌为腺癌、鳞状细胞癌、小细胞肺癌或非小细胞肺癌。

4.权利要求1的系统，其中所述基因表达水平包括与肺癌状态有关的信息性基因的表达水平，以及与该受试者的一种或多种可自我报告特征有关的一种或多种基因组关联基因的表达水平。

5.权利要求4的系统，其中所述受试者的一种或多种可自我报告特征包括：年吸烟包数、吸烟状态、年龄或性别。

6.权利要求1的系统，其中所述生物学样品是通过使用标签包括支气管刷检、支气管-肺泡灌洗、支气管活检、口腔清洗或痰收集的方法获得的。

7.权利要求1的系统，其中所述步骤进一步包括创建指出该肺癌风险得分的报告。

8.权利要求7的系统，其中至少部分基于所述肺癌风险得分将所述受试者鉴定为侵入性肺手术的候选人，其中所述肺癌风险得分指示所述受试者具有患有所述肺癌的风险。

9.权利要求8的系统，其中所述侵入性肺手术是经胸针穿刺、纵隔镜检查术或开胸术。

10.权利要求7的系统，其中所述肺癌风险得分是加权表达水平的组合。

11.权利要求10的系统，其中所述表达水平是以它们对预测具有肺癌的可能性升高的相对贡献加权的。

12.权利要求7的系统，其中所述肺癌风险得分是依照具有大于90％的排除所述肺癌的负面预测值(NPV)的模型确定的。

13.权利要求7的系统，其中所述肺癌风险得分是依照具有大于85％的在经诊断患有慢性阻塞性肺病(COPD)的受试者中排除所述肺癌的负面预测值(NPV)的模型确定的。

14.权利要求1的系统，其中从所述受试者的鼻获得所述生物学样品。

15.权利要求1的系统，其中至少部分基于所述受试者展现所述肺癌的一种或多种症状而怀疑所述受试者患有所述肺癌，其中所述肺癌的一种或多种症状包括持久的咳嗽、已有的咳嗽的恶化、痰中带血、持久的支气管炎、胸痛，未解释的重量减轻、呼吸急促或哮鸣。

16.一种确定受试者具有肺癌的可能性的方法，该方法包括：对自受试者获得的生物学样品进行基因表达分析，其中该基因表达分析包括测定该生物学样品中至少2种至至少10种选自表11的基因的mRNA表达水平；并至少部分基于该表达水平来确定该受试者具有肺癌的可能性。

17.一种本质上由至少1-10种核酸探针组成的组合物，其中至少2种至至少10种核酸探针每一种与自选自表11基因的不同基因表达的mRNA特异性杂交。

18.一种包含多至5种，多至10种，多至25种，多至50种，多至100种，或多至200种核酸探针的组合物，其中至少2种至至少10种核酸探针每一种与自选自表11基因的不同基因表达的mRNA特异性杂交。