[发明专利]与环斑病病毒PRSV抗性相关的SNP分子标记及应用

说明书

本发明涉及分子生物学领域，具体涉及一种与环斑病病毒PRSV抗性相关的SNP分子标记及应用。本发明基于GWAS分析方法发现了与番木瓜抗病性状（环斑病病毒PRSV抗性）相关的SNP分子标记，所述分子标记位于Chr04染色体第26455183位碱基（Cpa04g015360基因promoter区域），命名为Cpa04g015360:928，其核苷酸序列如SEQ ID No.1第78位所示。所述的SNP分子标记的应用可用于检测PRSV高抗番木瓜育种材料，有助于快速检测PRSV高抗育种材料，辅助杂交育种，缩短新品种培育周期，且检测成本较低、不受环境限制、检测结果准确性高、易重复。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体涉及一种与环斑病病毒PRSV抗性相关的SNP分子标记及应用。

背景技术

番木瓜是一种热带常绿果树，为番木瓜科番木瓜属多年生肉质草本植物，又名乳瓜、石瓜、万寿果、番瓜、木冬瓜、木瓜、莲生果。其原产于墨西哥和中美洲，广泛栽培于全世界的热带和亚热带地区，自17世纪传入我国，主产于广东、海南、广西、云南、台湾、福建，四川西昌和江西赣州也有种植。番木瓜鲜果外形美观、皮薄肉厚、汁多味甜、气味香甜、营养丰富。成熟番木瓜果肉呈黄色或红色，胡罗卜素、番茄红素含量丰富，具有卓越的保健效果和重要的食用价值和工业价值。发展番木瓜生产将极大刺激食品加工、医药卫生、美容保健和养殖业等相关产业的发展，具有重要的意义。

分子育种有助于选择目标性状然后培育新品种。随着遗传学的发展，遗传标记的方法可以作为辅助工具帮助人们进行选择，提高育种过程中的准确性(孙德权等, 2006,种子, 25(12): 54-57)。对于番木瓜的抗病毒育种研究，随着组织培养技术不断的完善，基因工程技术有了很大进展。Fitch等(1990)研究中采用基因枪法培育出转基因番木瓜植株，然后进一步培育并成功得到具有稳定的遗传性状的相关愈伤组织。周鹏等(1997, 热带作物学报,16(2): 66-69)研究了 PRV-CP-SN 的双价基因转入进番木瓜中，成功得到了转基因的植株。周鹏和郑学勤(1996, 热带作物学报, 17(2): 84-87)利用农杆菌介导法得到的转基因植株可以成功表达 Sm 株 CP 基因。 赵志英等(1998, 热带作物学报, 19(2): 20-26)利用基因工程技术，把 PRV RNA 的核酶相关基因转入了番木瓜中，成功得到了转基因植株，该研究也进行了人工接种相应攻毒研究。国内中山大学的生命科学院等单位通过大量研究也成功得到了转基因的番木瓜 植 株(于湄等, 2001)。Kumar 等(2018)基于转基因来源的 序列同源性分析，培育出转 CP 与 GFP 融合基因的 番木瓜，用于提高转基因番木瓜株系以抵抗 PRSV 感 染。Jia 等(2017)试验产生的转基因番木瓜品系，对PRSV 有一定的应用价值。基因工程方法可以作为防控番木瓜育种中抗病育种的一个比较好的方法，这个方法使番木瓜能够 抵抗各种病毒病(例如: 环斑病毒病)成为可能；而番木瓜组培快繁技术(蔡英卿和赖钟雄, 2003)不仅为番木瓜种质资源的保存提供了有效的途径，也成功保持优良品种(抗病, 优质, 高产)的遗传稳定性，同时为国际间的种质交流提供了方便。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。相比早期RAPD、AFLP、SSR等分子标记，SNP分子标记具有在个体基因组上分布广泛、数量较多，易于基因分型（SNP的二态性）、适于快速、规模化筛查等优势。全基因组关联分析（GWAS）是基于高通量SNP分子标记与性状间关系，挖掘性状相关候选基因的方法，其基本原理是群体中基因间连锁不平衡（LD）现象。GWAS最早被应用于人类疾病研究中，其在复杂数量性状的遗传基础解析上有重要的作用，对于挖掘真正的主效基因或关键变异位点有着绝对的优势。2010年至今，二代测序技术的推广和高通量分子标记的大量开发，全基因组关联分析的方法被大规模应用在作物复杂性状的研究中，在水稻、小麦、玉米、油菜和棉花中已经有了完备的使用方法和经验。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：提供一种与番木瓜抗病性状（环斑病病毒PRSV抗性）相关的SNP分子标记及应用。