[发明专利]玉米目标QTL区间内目标基因的挖掘方法及系统

权利要求书

1.一种玉米目标QTL区间内目标基因的挖掘方法，其中，所述挖掘方法包括以下步骤：

定位目标QTL区间；

根据目标QTL区间内的基因型相反、非目标QTL区间的基因型相同筛得成组材料；

筛选得到所述成组材料的差异表达基因和结构变异基因；

基于第一算法计算得到所述目标QTL区间内的所有基因的第一修饰预测值排序得到的第一候选清单；

基于第二算法计算得到所述目标QTL区间内的所有基因的第二修饰预测值排序得到的第二候选清单；

基于所述第一候选清单和/或所述第二候选清单，对其中的候选基因进行表型验证以获得目标基因。

2.根据权利要求1所述的挖掘方法，其中，所述基因型相反是指与参考基因型相反，所述参考基因型是基于现有数据与所述目标性状相关的基因型。

3.根据权利要求1所述的挖掘方法，其中，筛选获得结构变异基因的步骤包括SNPCalling、基因注释过程和基因筛选过程。

4.根据权利要求3所述的挖掘方法，其中，基因筛选过程包括采用筛选条件对经过基因注释过程得到注释信息进行筛选，具体包括：

若注释信息包括保守的原位删除、保守的原位插入、破坏性原位删除、破坏性原位插入、移码突变、可变剪切受体变异、可变剪切供体变异、起始密码子缺失、提前终止和终止密码子缺失中的至少一种，则将对应的基因判定为结构变异基因。

5.根据权利要求1所述的挖掘方法，其中，“基于第一算法计算得到所述目标QTL区间内的所有基因的第一修饰预测值排序得到的第一候选清单”的步骤具体包括：

基于第一算法计算得到所述目标QTL区间内的所有基因的所述第一预测值；

将所述目标QTL区间内的所述差异表达信息和结构变异信息作为权重对所述第一预测值修饰，得到第一修饰预测值；

根据所述第一修饰预测值获得所述目标QTL区间内的第一候选清单。

6.根据权利要求5所述的挖掘方法，其中，“对所述第一预测值修饰”的步骤具体包括：

若目标QTL区间内的某一基因为差异表达基因和/或结构变异基因，则第一修饰预测值＝(第一预测值+1)/2；

若目标QTL区间内的某一基因既不是差异表达基因也不是结构变异基因，则第一修饰预测值＝第一预测值/2。

7.根据权利要求6所述的挖掘方法，其中，“基于第二算法计算得到所述目标QTL区间内的所有基因的第二修饰预测值排序得到的第二候选清单”的步骤具体包括：

基于第二算法计算得到所述目标QTL区间内的所有基因进行第二预测值；

将所述目标QTL区间内的所述差异表达信息和结构变异信息作为权重对所述第二预测值修饰，得到第二修饰预测值；

根据所述第二修饰预测值获得所述目标QTL区间内的第二候选清单。

8.根据权利要求7所述的挖掘方法，其中，“对所述第二预测值修饰”的步骤包括：

若目标QTL区间内的某一基因为差异表达基因和/或结构变异基因，则所述第二修饰预测值＝所述第二预测值；

若目标QTL区间内的某一基因既不是差异表达基因也不是结构变异基因，则所述第二修饰预测值＝所述第二预测值/2。

9.一种玉米目标QTL区间内目标基因的挖掘系统，其中，所述挖掘系统包括：

目标QTL区间定位模块，用于获取与农作目标性状相关的目标QTL区间；

第一筛选模块，用于筛选在目标QTL区间内的标记基因型相反而在目标QTL区间外的标记基因型相同的成组材料；

第二筛选模块，用于筛选成组材料具有的差异表达候选基因和结构变异基因；

第一预测模块，用于基于第一算法计算得到所述目标QTL区间内的所有基因进行排序以得到第一候选清单；

第二预测模块，用于基于第二算法计算得到所述目标QTL区间内的所有基因进行排序以得到第二候选清单；

表型验证装置，用于根据所述第一候选清单和/或所述第二候选清单获得第三候选清单，并对所述第三候选清单中的候选基团进行表型验证以获得目标基因。