[发明专利]一种鉴定刀鲚遗传性别的SNP标记及其引物和应用

说明书

本发明涉及SNP标记领域，具体公开了一种鉴定刀鲚遗传性别的SNP标记及其引物和应用。本发明通过2b‑RAD测序方法成功筛选到刀鲚性别特异性SNP标记，该标记位于刀鲚LG18染色体上的第12186257位碱基。针对该SNP标记，设计引物利用常规PCR扩增和Sanger测序能够准确快速鉴定出刀鲚的遗传性别。与之前解剖检测、性腺切片观察相比，该技术具有准确、简单、快速，对鱼体伤害少等优点，解决了刀鲚性别鉴定的难题，将有助于大规模培育刀鲚全雌体系，为刀鲚繁养殖业的发展，提供有力依据。

技术领域

本发明涉及SNP标记领域，尤其涉及一种鉴定刀鲚遗传性别的SNP标记及其引物和应用。

背景技术

刀鲚(Coilia nasus)学名长颌鲚，隶属脊索动物门、硬骨鱼纲、鲱形目、鳀科、鲚属，是我国长江中一种中小型溯河洄游型鱼类，具有较高的营养价值和经济价值，与鲥鱼(Tenualosa reevesii)、暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)并称为“长江三鲜”。刀鲚具有显著的雌雄生长二态性，同时期的刀鲚雌鱼生长速度显著快于雄鱼，且达到成熟时的雌鱼个体也比雄鱼个体大。因此，开发刀鲚全雌育种及全雌养殖技术具有重要的产业意义。但在性腺发育成熟之前，很难从外部形态上区分其雌鱼和雄鱼，胚胎和幼体阶段雌雄鱼形态上几乎没有区别，这给刀鲚全雌育种技术的开发带来了很大困难，也给刀鲚基因组选择育种计算雌雄候选亲本数量性状的基因组育种值带来了困难，且阻碍了需要在性腺发育分化之前进行遗传性别识别的性别决定分子机制研究的开展。因此，开发一种能准确稳定鉴别刀鲚遗传性别的分子标记，对于刀鲚性别控制育种具有极大的促进作用和生产应用价值。

从现阶段已公布的刀鲚基因组信息来看，仅有雌性刀鲚基因组和注释文件(Xuetal.,2020)，尚无雄性相关信息，无法直接从两种性别刀鲚基因组层面展开比对，这为刀鲚性别相关标记的筛选带来了一定的难度。随着高通量测序技术的快速发展，基于酶切的简化基因组测序(RAD-Seq,Restriction-site Associated DNA Sequence)作为一种通过测序进行基因分型的方法，为开发鱼类的性别特异性分子标记提供了可能(Gamble etal.,2014；Liu et al.,2018；Zhou et al.,2019；Han et al.,2020)。

本发明利用RAD简化基因组测序的方法，提供了刀鲚雌雄特异性SNP标记，并成功应用于刀鲚雌雄性别的快速鉴定，为刀鲚全雌育种等相关研究提供了一定的理论基础。

参考文献

1.Gamble T,Coryell J,Ezaz T,et al.Restriction site-associated DNAsequencing(RAD-seq)reveals an extraordinary number of transitions among Geckosex determining systems.Molecular Biology and Evolution,2014,32:1296-1309.

2.Han C,Zhu Q,Lu H,et al.Screening and characterization of sex-specific markers developed by a simple NGS method in mandarin fish(Sinipercachuatsi).Aquaculture,2020,527:735495.

3.Liu H,Pang M,Yu X,et al.Sex-specific markers developed by next-generation sequencing confirmed an XX/XY sex determination system in bigheadcarp(Hypophthalmichthys nobilis)and silver carp(Hypophthalmichthys molitrix).DNA Research,2018,25:257-264.