[发明专利]梅果皮红色性状相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了梅果皮红色性状相关的SNP分子标记及其应用。本发明利用重测序数据挖掘出7个高质量、高多态性的SNP分子标记，可用于果皮色泽不同的果梅品种(系)的精准检测，具有广泛的应用普适性；标记为共显性标记，具有特异性、灵敏度和分辨率高等优点；所开发的分子标记不受环境条件影响，能够使用种子或任何类型的植物组织，可以实现抗性的快速鉴定，减少田间测试成本，从而节约育种成本、加快育种进程。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及一种与果梅果皮红色性状相关的SNP分子标记组合、特异性引物及其应用。

背景技术

果皮色泽是由果面的底色和表色两部分组成，与叶绿素、类胡萝卜素(胡萝卜素、叶黄素和番茄红色等)和类黄酮类色素(黄酮、黄酮醇和花青苷等)的含量及其比例有关。果面底色主要为绿色、黄色和黄绿色，由叶绿素和类胡萝卜的含量和比例决定，果面表色主要为红色、蓝色和紫色，是花青苷等类黄酮物质的合成和积累的结果。果实商品化是以市场经济需求为导向，提高水果经济效益为目标，实现提高果实品质、最大经济和使用价值的过程。果实品质是外在品质和内在品质的综合表现，果实外在品质通常包括果实果形、大小、整齐度、果皮色泽、表面光洁度和光泽、果点等指标，果皮色泽与果皮中花青苷种类和含量密切相关，良好的果皮色泽是优异的果实外观品质，能引起消费者的注意和提高其商品价值。

花青苷是一类常见的水溶性类黄酮物质，是植物次生代谢-苯丙氨酸代谢途径中类黄酮代谢的分支产物。花青苷是存在于高等植物体的花、果实、叶等诸多器官中的重要次生代谢产物，结构多样并分布广泛。花青苷在细胞质中合成后被运输到液泡中储存，随着细胞液内酸碱度的改变而产生从红色到紫色的颜色变化。花青苷作为一类可食用的天然色素，是食品工业中利用最广泛的食品添加剂之一，经常用于果冻、糖果和果酱等加工品的调色。花青苷是红葡萄酒中的主要呈色物质，也是决定其外观品质光泽的主要因素，还与其他酚类物质共同影响口感等内在品质。其他富含花青苷的水果如蓝莓、桑葚和杨梅等，会被用来深加工成果干(蓝莓干和桑葚干)、果酱(蓝莓酱)、果酒(桑葚酒和杨梅酒)和果汁饮料等食品，丰富人们的日常饮食生活。

全基因组重测序从基因组水平为构建高密度的遗传连锁图谱、全基因组关联研究分析、数量性状基因座定位提供高通量的分子标记。利用基于WGR开发的SNP标记来识别和验证SNP基因型分析，与传统分子标记的遗传作图相结合，可以快速挖掘到候选基因及其导致表型的SNP位点。SNP标记普遍应用于果树中梨、苹果、葡萄和桃等果树的遗传多样性及数量性状定位等方面，其中关于果实色泽的数量性状定位有不少报道。SNP分子标记较其他的DNA分子标记具有数量大、遗传稳定、易于检测等优点，常用作梨、苹果和葡萄等与果皮色泽相关基因的定位与分子标记辅助育种。SNP分子标记在梅种质资源鉴定、遗传进化分析、花色基因定位等方面研究较多，但是有关果皮红色性状的相关分子标记尚未报道。因此开发与梅果皮花青苷的生物合成高度相关的高多态性SNP分子标记，分子标记辅助育种将大大加快果梅适宜不同加工需求的优异种质的育种进程。

发明内容

发明目的：为了解决上述问题，本发明的目的在于提供一种与果梅果皮红色性状相关的SNP分子标记组合、特异性引物及其应用。

技术方案：本发明的目的可通过如下技术方案实现：

第一方面，本发明利用从基因组测序并筛选得到的果梅果皮红色性状相关的SNP分子标记，在加工生产常用的不同果皮色泽的果梅品种中鉴定和验证，并经过功能注释和分析筛选开发出与梅果皮色泽相关的显著SNP位点。

一种与果梅果皮红色性状相关的SNP分子标记组合，所述分子标记组合包括以下7个SNP分子标记:

PmSNP_1-7所在的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1-7所示。

上述信息基于数据库NCBI的果梅基因组版本:GCA_000346735.1P.mume_V1.0,2014/02/28。