[发明专利]一种蒙古野驴微卫星分子标记组合及其引物和应用

说明书

本发明公开了一种蒙古野驴微卫星分子标记组合及其引物和应用，涉及DNA分子标记技术领域。该蒙古野驴微卫星分子标记组合，包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.17‑24所示的Eqr3400、Eqr5948、Eqr732、Eqr166、Eqr1096、Eqr1226、Eqr652和Eqr821。该分子标记组合的扩增引物组合，包括如SEQ ID NO.1‑16所示的核苷酸序列。本发明开发了一组具有丰富多态性的蒙古野驴微卫星分子标记，并提供了一组蒙古野驴微卫星引物。本发明提供的蒙古野驴微卫星引物对能够对微卫星位点进行特异性扩增，并且具有高度多态性。

技术领域

本发明涉及DNA分子标记技术领域，特别是涉及一种蒙古野驴微卫星分子标记组合及其引物和应用。

背景技术

微卫星：微卫星(simple sequence repeat，SSR)指DNA简单串联重复序列，由核心序列与两侧的侧翼序列构成。核心序列为1-6个核苷酸重复单位，不同等位基因间的重复数和重复单元的差异使其具有长度多态性，核心序列两侧则由保守的侧翼序列组成，在物种间具有较高的同源性，因此可用于引物设计。与其他分子标记相比，微卫星具有数量多、稳定性好、多态性信息丰富，共显性和易于检测等优势。同时，以PCR技术为基础的微卫星分析，对模板DNA的要求较低，纳克量或部分断裂的DNA都能够有效分析，因此微卫星标记被越来越多的应用于濒危物种的遗传学研究，例如解释濒危物种的进化历史、种群遗传结构分析、辅助种群调查、亲缘关系鉴定和近缘物种及杂交个体鉴别等保护生物学重点工作。然而，虽然有研究发现微卫星DNA侧翼序列在近缘物种间具有一定的保守性，但对一些珍稀濒危物种，当缺乏相关近缘物种微卫星序列信息参考的情况下﹐则需要进行微卫星位点的筛选和特异引物的开发，并且濒危物种的遗传多样性普遍较低，因此开发多态性的微卫星位点显得更困难也更重要。

蒙古野驴：蒙古野驴(Mongolian WildAss or Khulan，Equus hemionushemionus)属奇蹄目(Perissodactyla)马科(Equidae)马属，是中国国家一级保护动物，主要分布于蒙古国南部和中国北部中蒙边境附近地区，一般以集群活动，为目前野生数量最大的亚种种群。新疆卡拉麦里保护区分布有中国最大的蒙古野驴种群，是保护中国蒙古野驴的最关键区域，经过30余年的保护与调查，该保护区内蒙古野驴的数量不断增长。然而，由于农业用地、过度放牧和经济开发，蒙古野驴的栖息地逐渐破碎和边缘化，导致蒙古野驴的生存仍然受到威胁，处于濒危状态。目前，国内对于蒙古野驴的研究主要集中于生态种群结构、行为机制以及栖息地等方面，对其分子遗传学的相关研究极少。了解物种的遗传背景能够帮助保护生物学家更全面地制定出科学合理的保护对策。因此，开发高效有力的分子标记，继而能够从分子遗传学角度对蒙古野驴进行保护，补足其遗传学研究的短板。

发明内容

本发明的目的是提供一种蒙古野驴微卫星分子标记组合及其引物和应用，以解决上述现有技术存在的问题，本发明提供的蒙古野驴微卫星引物对能够对微卫星位点进行特异性扩增，并且具有高度多态性。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种蒙古野驴微卫星分子标记组合，包括核苷酸序列分别如SEQ IDNO.17-24所示的Eqr3400、Eqr5948、Eqr732、Eqr166、Eqr1096、Eqr1226、Eqr652和Eqr821。

本发明还提供一种上述的分子标记组合的扩增引物组合，包括如SEQ ID NO.1-16所示的核苷酸序列。

本发明还提供上述的分子标记组合或扩增引物组合在蒙古野驴或蒙古野驴的近缘种群遗传结构和遗传多样性研究中的应用。

本发明公开了以下技术效果：