[发明专利]一种双向同源比对的非模式物种细胞注释方法

权利要求书

1.一种双向同源比对的非模式物种细胞注释方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1、对非模式物种进行单细胞转录组测序，得到单细胞转录组测序的数据；

S2、将非模式物种的基因组和模式物种的基因组进行比对，保留唯一比对上的基因对；

S3、将模式物种的基因组和非模式物种的基因组进行比对，保留唯一比对上的基因对；

S4、将所述S2中保留的唯一比对上的基因对和所述S3中保留的唯一比对上的基因对进行比较，保留相同的基因对，作为双向同源比对的基因对；

S5、在模式物种的标记基因数据库中，将所述双向同源比对的基因对中的非模式物种的基因替代所述双向同源比对的基因对中与非模式物种同源的基因，得到非模式物种的表达量矩阵；

S6、通过软件调用所述非模式物种的表达量矩阵的基因数据进行注释，得到非模式物种细胞类型的注释结果。

2.根据权利要求1所述的一种双向同源比对的非模式物种细胞注释方法，其特征在于，所述S2和所述S3中，采用blast方法将模式物种的基因组和非模式物种的基因组进行比对。

3.根据权利要求1所述的一种双向同源比对的非模式物种细胞注释方法，其特征在于，所述S5中，所述模式物种的标记基因数据库中包括模式物种的表达量矩阵，在所述模式物种的表达量矩阵中，将双向同源比对的基因对的模式物种的基因ID替换为所述双向同源比对的基因对中与模式物种同源的基因，得到所述非模式物种的表达量矩阵。

4.根据权利要求1～3任一项所述的一种双向同源比对的非模式物种细胞注释方法，其特征在于，采用singleR软件调用所述非模式物种的表达量矩阵的基因数据进行注释，得到所述非模式物种细胞类型的注释结果。

5.根据权利要求1所述的一种双向同源比对的非模式物种细胞注释方法，其特征在于，在得到所述非模式物种细胞类型的注释结果后，利用模式物种的配体-受体数据库，根据得到的非模式物种细胞类型的注释结果，可以基于注释的所述非模式物种细胞类型对非模式物种细胞间进行细胞通讯分析。

6.根据权利要求1所述的一种双向同源比对的非模式物种细胞注释方法，其特征在于，在得到所述非模式物种细胞类型的注释结果后，将所述非模式物种细胞类型的注释结果按照细胞类型进行统计，通过表格对非模式物种细胞类型的分布进行可视化。

7.根据权利要求1～3任一项所述的一种双向同源比对的非模式物种细胞注释方法，其特征在于，所述模式物种的标记基因数据库包括人的标记基因数据库和小鼠的标记基因数据库。