[发明专利]一种绵羊液相芯片及其应用

说明书

本发明公开了一种绵羊液相芯片及其应用，本发明发现及筛选出可用于芯片设计的935个SNP位点，利用设计的液相芯片可以通过靶向捕获测序技术实现绵羊基因分型。实验结果表明，本发明设计的芯片可用于绵羊遗传多样性分析、品种鉴定、亲缘关系鉴定、全基因组关联分析以及基因组选择育种。

技术领域

本发明涉及全基因组基因芯片领域，具体涉及一种绵羊液相芯片及其应用。

背景技术

分子标记技术(MolecularMarkerTechnology)是分子育种中的重要工具。传统分子标记，例如限制性片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism,RFLP)和简单序列重复(SimpleSequenceRepeat，SSR)在遗传育种领域中发挥着重要作用。但是，也存在一定局限性，例如在基因组分布数量少，以及操作过程繁琐、通量低，导致无法满足大规模商业化育种应用的需求。单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism,SNP)指基因组单个核苷酸的变异，包括单个碱基对的转换、颠换、插入或缺失。SNP作为基因组中分布更为广泛的遗传标记，具有密度高、遗传稳定性高和易于自动化分析等特点，已发展成为动物遗传变异研究中较为常见的分子标记。

目前，用于SNP位点分型的基因芯片技术中，传统的固相芯片基于探针与DNA序列的互补杂交，通过标记物的荧光显色信号进行分型。液相芯片基于重测序技术，对每个目标位点进行专一性捕获，并进行高深度的重测序，具有检测准确性高、通量大的优点。液相芯片一般包括根据DNA互补原理，为每个待测位点设计的一条生物素(Biotin)标记、覆盖目标SNP的探针，这些探针在液态中与基因组目标区域杂交形成双链，可以利用链霉亲和素包衣的磁珠与带有生物素的分子的吸附作用，经洗脱、扩增、建库之后进行二代测序，最终还原目标位点及其周围SNP的基因型状态。液相芯片目前在物种进化分析、种质资源评价与DNA指纹鉴定、分子遗传图谱构建、基因/QTL定位和基因克隆、分子标记辅助选择、全基因组选择等方面已经有着较为成熟的应用(徐云碧,杨泉女,郑洪建,等.靶向测序基因型检测(GBTS)技术及其应用.中国农业科学,2020,53(15):2983-3004.)。