[发明专利]陆地棉A07号染色体与棉铃重关联的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记及其应用，属于分子生物学、生物信息学领域。所述SNP分子标记为如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.3所示核苷酸序列中至少一个。本发明提供的与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记可以用于棉花棉铃重性状的早期预测和筛选。其直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题；表现为中性，不影响目标性状的表达；SNP适于快速、规模化筛查。基因组筛选中SNPs往往只需+/‑的分析，而不用分析片段的长度，利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。

技术领域

本发明涉及与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记及其应用，属于分子生物学、生物信息学领域。

背景技术

陆地棉是一种纤维作物，其产量占世界棉花总产量的90％以上，在世界经济中有着重要地位。棉铃重是决定棉花产量的主要因素之一。棉铃重由多种因素综合影响，其中自身的遗传因素是最重要的决定因子。目前通过人工采棉的成本还是比较高，给棉花种植户的收益带来了一定的影响。比如采摘同等重量的棉花，铃重高的棉田人工采收费用更低，一定程度上提高了棉花的种植经济效益。因此，对于棉农来说，高铃重的棉花品种深受欢迎，也是棉花育种工作者改良的重要目标性状之一。

传统的棉花育种手段主要是通过表型直接选择，育种效率低，难以满足高铃重棉花育种的需要。随着科技的发展，SNP分子标记凭借着在基因组中数量多、分布广的特点，成为目前最具发展潜力的分子标记，适合于大规模自动化检测。SNP分子标记技术能够达到直接选择数量性状的基因型的效果，为标记辅助育种奠定基础，目前已在医学和生物等领域得到广泛应用，但在棉花育种研究中相对还较少。全基因组关联分析(Genome-wideassociation study，GWAS)是一种对全基因组范围内的常见遗传变异(单核苷酸多态性和拷贝数)基因总体关联分析的方法，该方法以自然群体为研究对象，以长期重组后保留下来的基因(位点)间连锁不平衡(linkagedisequilibrium，LD)为基础，将目标性状表型的多样性与基因(或标记位点)的多态性结合起来分析，可直接鉴定出与表型变异密切相关且具有特定功能的基因位点或标记位点。在全基因组范围内进行整体研究，能够一次性对优良性状进行轮廓性概览，适用于挖掘优良性状等的研究。

近年来，随着陆地棉全基因组测序的完成和高通量DNA测序技术的突飞猛进，发明人成功完成了1812份棉花核心种质资源的重测序。通过测序数据比对，获得大量高质量的SNPs，这些SNPs可用于单体型图谱、遗传图谱、关联性图谱、指纹图谱的构建，为分子育种、系统进化、种质资源鉴定提供重要保障。本发明利用全基因组关联分析发掘了一批与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记，为以后的标记辅助选择及聚合育种改良棉花产量奠定了基础。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明的目的是提供一批与陆地棉棉铃重关联的SNP分子标记及其应用。将这些SNP分子标记应用于棉铃重的辅助选择，可以尽快提高我国棉花品种的产量水平。

为了实现上述目的，本发明的技术方案是：

陆地棉A07号染色体与棉铃重关联的SNP分子标记，所述SNP分子标记为如SEQ IDNO.1-SEQ ID NO.3所示核苷酸序列中至少一个。

所述SNP分子位点于序列第51bp处发生突变，所述SNP分子标记的突变形式如下所示：

一种所述SNP分子标记在陆地棉棉铃重早期预测和筛选中的应用。

一种所述SNP分子标记在高产棉花分子标记辅助选择和聚合育种改良中的应用。

一种检测所述SNP分子标记的引物或试剂。

一种检测所述SNP分子标记的试剂盒。

一种含有所述SNP分子标记的基因芯片。