[发明专利]特异性检测食管癌的探针组及试剂盒

说明书

本发明涉及医学生物检测技术领域，提供了与食管癌发生发展相关，对临床预后和药物选择具有提示作用的29个基因，并设计了高效检测探针及试剂盒，在食管癌患者预后判断和药物治疗选择中具有一定的应用价值。本发明提供的捕获探针覆盖率广，更加精准针对食管癌的用药指导和预后判断等应用，测序深度更深，需要的数据量更少，1Gb数据量达到有效10000X深度，极大的提高了基因组中目标区域的研究效率，显著降低了测序成本，在食管癌患者预后判断和药物治疗选择中具有临床应用价值。

技术领域

本发明属于医学生物检测技术领域，涉及食管癌的诊断标志物，具体涉及包含29个基因的基因组合在制备食管癌诊断或预后评估试剂或试剂盒中的应用，还涉及特异性检测食管癌变异基因的探针组及试剂盒。

背景技术

快速和准确地获取生物体的遗传信息对于生命科学研究一直具有十分重要的意义。对于每个生物体来说，基因组包含了整个生物体的遗传信息。测序技术能够真实地反映基因组DNA上的遗传信息，进而比较全面地揭示基因组的复杂性和多样性，因而在生命科学研究中扮演了十分重要的角色。

测序技术最早可以追溯到20世纪50年代，1954年Whitfeld等用化学降解的方法测定多聚核糖核苷酸序列。1977年Sanger等发明的双脱氧核苷酸末端终止法和Gilbert等发明的化学降解法，标志着第一代测序技术的诞生。此后在三十几年的发展中陆续产生了第二代测序技术，包括Roche公司的454技术、Illumina公司的Solexa技术和ABI公司的SOLiD技术等。相比传统的Sanger测序法，新一代测序技术的推出及普及，使得基因测序的通量和质量大幅提高，而测序成本逐步降低。

目前临床癌症的早期诊断和个性化指导用药需要对病人进行相关基因的测序。然而Roche，Illumina等公司推出的配套测序平台使用的试剂盒仅仅适用于全基因组或者全外显子的测序，而全基组或全外显子的测序要达到目标基因的测序覆盖度、深度要求会产生极大的数据量，大量的数据除了会对分析工作造成极大的困难之外，还会产生巨大的测序成本，不适合癌症的早期诊断和个性化指导用药。因此要想真正能够把二代测序技术推向临床，能够满足医生的需求，就需要设计针对特定疾病的重要突变基因靶向的测序试剂盒。

目前Illumina公司和Life technologies公司都提供靶向基因的捕获试剂盒，然而上述公司的试剂盒产品针对多种癌症的靶向基因，具体针对某项肿瘤的靶向基因的数目不全，并非全区域覆盖。如Illumina公司的TruSeq Amplicon-Cancer Panel，共检测48个基因，Life technologies公司的AmpliSeq Cancer Hotspot Panel共检测50个基因中的热点位点，其针对多种肿瘤进行，而且以上商业试剂盒虽然均能达到90％以上的覆盖率，但是仍然有10％区域的缺失，并且每个区域覆盖深度不同，无法进行定量的分析。

我国食管癌发病率和死亡率在所有恶性肿瘤中分别居第6位和第5位，疾病负担沉重。食管癌在早期阶段无特征性表现，在确诊时往往已进展至中晚期。放射治疗和药物治疗是不可切除的局部晚期食管癌和转移性食管癌的主要治疗方法。然而传统化疗对食管癌疗效有限，五年生存率不足30％，靶向治疗和免疫治疗可为此类患者带来生存获益。基因突变检测对患者靶向治疗和免疫治疗获益具有一定预测价值，为药物选择临床决策提供重要参考。全基因组测序可以获得全基因组水平范围的突变、插入、缺失以及结构变异信息，但数据总量较大、检测成本较高，且大部分信息与食管癌药物治疗和预后判断并无显著相关性。研究显示，食管癌基因突变特征与其他肿瘤类型不同，且无公认的高频突变，实现早期诊断对于提高食管癌患者的生存率至关重要，但目前尚未见具体针对食管癌诊断的相关标志物的相关报道。

发明内容

本发明针对上述问题进行，提供了与食管癌发生发展相关，对临床预后和药物选择具有提示作用的29个基因，并设计了高效检测探针，在食管癌患者预后判断和药物治疗选择中具有一定的应用价值。