[发明专利]基于多基因突变的VTE风险评估模型、构建方法及应用

权利要求书

1.基于多基因突变特征的VTE风险评估模型，其特征在于，所述模型基于获得的与VTE是否患病显著相关的35个特征基因中的一个基因或多个基因组合，所述特征基因为：

SERPINC1、F5、AQP9、LRRC6、KIF6、DHX34、REXO1、TPBGL、MFAP1、RTKN2、ASPN、MKI67、KIAA1522、FGFR4、PGLYRP4、CCBL2、ATP5S、ENDOG、DMBT1、DBR1、PNPLA7、TBC1D24、CSF1R、GSTA5、ERICH6、C7orf25、GALK1、TMEM143、OXR1、SETD5、AQP7、ERMAP、ZNF831、ENOSF1、GPR142。

2.根据权利要求1所述的基于多基因突变特征的VTE风险评估模型，其特征在于，采用统计算法对35个特征基因进行特征筛选降维，按特征基因排序选定一个基因或多个基因组合。

3.根据权利要求1或2所述的基于多基因突变特征的VTE风险评估模型，其特征在于，所述模型以筛选的VTE遗传相关基因和收集的样本为单元，按突变类型对样本中外显子区和可变剪切区的罕见突变位点进行统计，得到各样本中每个基因在每种突变类型上的突变位点数量，按OR值、AUC、p-value依次对全基因进行排序，然后按照OR1，p-value0.05，AUC0.5标准进行过滤，得到与VTE是否患病显著相关的特征基因。

4.根据权利要求3所述的基于多基因突变特征的VTE风险评估模型，其特征在于，所述突变类型包括可变剪切突变、移码插入/删除突变、无义突变、错义突变、非移码插入/删除突变。

5.根据权利要求1或2所述的基于多基因突变特征的VTE风险评估模型，其特征在于，所述模型中叠加环境影响因素，所述环境影响因素包括年龄因素。

6.基于多基因突变特征的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1、收集研究样本及基因检测实验，所述研究样本包括VTE患病者样本和健康者样本，基因检测实验包括全基因组测序和全外显子组测序；

S2、突变位点分析、注释和过滤，选取外显子区和可变剪切区域的突变位点和人群频率小于0.05的罕见突变位点；

S3、VTE遗传风险基因突变筛查，包括筛选已知的遗传危险因素和筛查研究样本静脉血栓栓塞的风险变异；

S4、显著突变位点分析和基因负荷检验，包括变异与静脉血栓栓塞之间的关联分析和基因与静脉血栓栓塞之间关联的负荷分析；

构建得到VTE风险评估模型。

7.根据权利要求6所述的基于多基因突变特征的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，所述步骤S1中，研究样本包括家系研究队列和人群验证队列；所述家系研究队列选自中国汉族静脉血栓栓塞家系，包括静脉血栓栓塞患者和未患病成员；所述人群验证队列选择中国汉族，包括无诱因的散发静脉血栓栓塞病例和健康对照。

8.根据权利要求6所述的基于多基因突变特征的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，所述步骤S3中，所述筛选已知的遗传危险因素为筛选已知的VTE相关基因，包括确证基因和候选基因；

所述筛查研究样本静脉血栓栓塞的风险变异为筛查35个家系静脉血栓栓塞的所有共分离变异，其基于不同的基因集制定3种不同的过滤策略，分别为过滤策略1、过滤策略2和过滤策略3；所述过滤策略1为确证与VTE相关的基因的突变筛选过滤策略；所述过滤策略2为可能与VTE相关的基因的突变筛选过滤策略；所述过滤策略3为其他基因的突变筛选过滤策略。

9.根据权利要求6所述的基于多基因突变特征的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，还包括：

步骤S5、基因富集分析和相互作用网络构建；

所述步骤S5中，基于家系研究队列和人群验证队列中基因负荷检验均显著的基因，构建蛋白质相互作用网络，并进行蛋白-蛋白相互作用网络中的KEGG通路富集分析和GO富集分析。

10.基于多基因突变特征的VTE风险评估模型在中国人静脉血栓栓塞症患病风险评估产品中或血栓形成的发病机制研究中的应用。