[发明专利]一种预测污染物与生物膜之间相互作用的方法在审

专利信息
申请号: 202210915030.X 申请日: 2022-08-01
公开(公告)号: CN115308107A 公开(公告)日: 2022-11-08
发明(设计)人: 董玉瑛;李乐;赵英;陈玉婷;焦健;陈东纪;柏雨 申请(专利权)人: 大连民族大学
主分类号: G01N15/08 分类号: G01N15/08;G01N13/04;C12Q1/02;C12R1/01;G16C10/00
代理公司: 大连智高专利事务所(特殊普通合伙) 21235 代理人: 宋文君
地址: 116600 辽宁省*** 国省代码: 辽宁;21
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摘要:
搜索关键词: 一种 预测 污染物 生物膜 之间 相互作用 方法
【权利要求书】:

1.一种预测污染物与生物膜之间相互作用的方法,其特征在于,具体实施步骤包括:

S1.构建反应体系

用Materials Studio 8.0软件,通过Modulesde的Amorphous Cell Calculation模块建立体系;主要步骤为在Setup模块下,Task选择Confined Layer,Quality选择Medium,Density输入正辛醇密度和污染物密度之和的平均值,单位为g/m3;在Energy模块下,Forcefield选择COMPASS,Charges选择Forcefieldassigned,点击Run,构建反应体系完成;

S2.优化结构

选择Modulesde的Forcite Geometry Optimization模块,Algorithm选择Smart,Quality设置为Fine,Max.iterations设置为500,Externalpressure设为0.0GPa,关闭对话框,单击Run,关闭Forcite Calculation对话框,完成结构优化;

S3.模拟作用过程

选择Modulesde的Forcite Dynamics模块,在该模块下具体操作步骤为Ensemble采用NVT,Initial velocities选择Random,Temperature设置为298.0K;Time step设为1.0fs,每隔1.0fs记录一次运动轨迹,Total simulation time设置为1.0×104ps,Numberofsteps为1×107,Frame output every设为2000steps,每20000步输出一次图貌,收集数据;

S4.计算相互作用能

利用步骤3收集的数据直接计算稳定构型下C8H18O-污染物体系之间的相互作用能E,单位为:kcal/mol,计算公式如下:

E=E-(E物质+EC8H18O) (1)

其中:E为模拟后的体系总能量,E物质为模拟后的单独反应物质的能量,EC8H18O为正辛醇模拟后的能量,以上数值来自步骤S1-S3;

S5.判断反应机制

以步骤4所述E值的大小来评价污染物跨膜的难易程度;E越大,吸附越稳定,吸附行为越容易发生;E为0或负值,吸附越难发生;比较毒性EC50值与相互作用能E判断污染物的跨膜形式。

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