[发明专利]一种预测污染物与生物膜之间相互作用的方法在审
申请号: | 202210915030.X | 申请日: | 2022-08-01 |
公开(公告)号: | CN115308107A | 公开(公告)日: | 2022-11-08 |
发明(设计)人: | 董玉瑛;李乐;赵英;陈玉婷;焦健;陈东纪;柏雨 | 申请(专利权)人: | 大连民族大学 |
主分类号: | G01N15/08 | 分类号: | G01N15/08;G01N13/04;C12Q1/02;C12R1/01;G16C10/00 |
代理公司: | 大连智高专利事务所(特殊普通合伙) 21235 | 代理人: | 宋文君 |
地址: | 116600 辽宁省*** | 国省代码: | 辽宁;21 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 预测 污染物 生物膜 之间 相互作用 方法 | ||
1.一种预测污染物与生物膜之间相互作用的方法,其特征在于,具体实施步骤包括:
S1.构建反应体系
用Materials Studio 8.0软件,通过Modulesde的Amorphous Cell Calculation模块建立体系;主要步骤为在Setup模块下,Task选择Confined Layer,Quality选择Medium,Density输入正辛醇密度和污染物密度之和的平均值,单位为g/m3;在Energy模块下,Forcefield选择COMPASS,Charges选择Forcefieldassigned,点击Run,构建反应体系完成;
S2.优化结构
选择Modulesde的Forcite Geometry Optimization模块,Algorithm选择Smart,Quality设置为Fine,Max.iterations设置为500,Externalpressure设为0.0GPa,关闭对话框,单击Run,关闭Forcite Calculation对话框,完成结构优化;
S3.模拟作用过程
选择Modulesde的Forcite Dynamics模块,在该模块下具体操作步骤为Ensemble采用NVT,Initial velocities选择Random,Temperature设置为298.0K;Time step设为1.0fs,每隔1.0fs记录一次运动轨迹,Total simulation time设置为1.0×104ps,Numberofsteps为1×107,Frame output every设为2000steps,每20000步输出一次图貌,收集数据;
S4.计算相互作用能
利用步骤3收集的数据直接计算稳定构型下C8H18O-污染物体系之间的相互作用能E,单位为:kcal/mol,计算公式如下:
E=E总-(E物质+EC8H18O) (1)
其中:E总为模拟后的体系总能量,E物质为模拟后的单独反应物质的能量,EC8H18O为正辛醇模拟后的能量,以上数值来自步骤S1-S3;
S5.判断反应机制
以步骤4所述E值的大小来评价污染物跨膜的难易程度;E越大,吸附越稳定,吸附行为越容易发生;E为0或负值,吸附越难发生;比较毒性EC50值与相互作用能E判断污染物的跨膜形式。
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