[发明专利]一种银杏维管形成层线粒体损伤相关的染色体外环状DNA及其筛选方法和应用在审
| 申请号： | 202210934294.X | 申请日： | 2022-08-04 |
| 公开（公告）号： | CN116064519A | 公开（公告）日： | 2023-05-05 |
| 发明（设计）人： | 林金星;宋玉双;杨舜垚;张曦 | 申请（专利权）人： | 北京林业大学 |
| 主分类号： | C12N15/113 | 分类号： | C12N15/113;C12Q1/6806;C12Q1/6895 |
| 代理公司： | 北京方圆嘉禾知识产权代理有限公司 11385 | 代理人： | 崔玥 |
| 地址： | 100083 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 银杏 形成层 线粒体 损伤 相关 染色 体外 环状 dna 及其 筛选 方法 应用 | ||
1.一种银杏维管形成层线粒体损伤相关的染色体外环状DNA，其特征在于，所述染色体外环状DNA为[TAR1 circle]，所述[TAR1 circle]的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2.权利要求1所述的染色体外环状DNA在植物线粒体逆行信号转导中的应用，其特征在于，所述染色体外环状DNA与银杏维管形成层线粒体损伤高度相关。
3.权利要求1所述染色体外环状DNA的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法包括如下步骤：
提取银杏样品中的基因组DNA，经消化后进行滚环扩增得到eccDNA，将所述的eccDNA打断、纯化、扩增后得到富集eccDNA，并利用所述富集eccDNA构建Circle-seq文库；对所得的文库进行双端测序，得到的序列信息经过滤差异表达、基因注释后得到筛选后的eccDNA；
对筛选后的eccDNA进行反向PCR扩增，所得产物即得所述染色体外环状DNA-[TAR1circle]。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述的银杏样品为健康和线粒体损伤的银杏维管形成层样品。
5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述所述消化的酶为核酸外切酶，所述滚环扩增的酶为Phi29酶。
6.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述过滤差异表达选择P值0.05且|log2FC|1的eccDNA。
7.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述反向PCR扩增的模板为富集eccDNA。
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