[发明专利]一组獐牙菜属植物鉴别用DNA条形码及其应用

权利要求书

1.一组獐牙菜属植物鉴别用DNA条形码，其特征在于，所述DNA条形码由matK、ndhJ、ndhK、atpI-atpH、ndhF-rpl32、petA-psbJ和ycf4-cemA基因序列中的至少一个所组成。

2.根据权利要求1所述的一组獐牙菜属植物鉴别用DNA条形码，其特征在于，所述matK、ndhJ、ndhK的基因序列为CDS序列；所述atpI-atpH、ndhF-rpl32、petA-psbJ和ycf4-cemA基因序列为CDS间隔区序列。

3.根据权利要求1所述的一组獐牙菜属植物鉴别用DNA条形码，其特征在于，所述matK基因序列的长度为1515～1563bp、所述ndhJ基因序列的长度为477、所述ndhK基因序列的长度为675～699、atpI-atpH基因序列的长度为681～979、ndhF-rpl32基因序列的长度为554～786、petA-psbJ基因序列的长度为661～882、ycf4-cemA基因序列的长度为399～561，其中matK基因鉴别效果最佳。

4.如权利要求1-3任一项所述的一组獐牙菜属植物鉴别用DNA条形码的筛选方法，其特征在于，

数据来源为：26个獐牙菜属物种和10个近缘属物种的叶绿体全基因组序列。

5.根据权利要求4所述的一组獐牙菜属植物鉴别用DNA条形码的筛选方法，其特征在于，遵从以下标准：

1)同时存在保守区和高变异区域；

2)长度在300～800bp之间；

3)具有大的种间变异和小的种内变异，能够将不同的物种区分开来。

6.根据权利要求5所述的一组獐牙菜属植物鉴别用DNA条形码的筛选方法，其特征在于，DNA条形码筛选与评估包括以下步骤：

a.使用MEGA v7计算候选片段的种内和种间遗传距离，模型采用Kimura2-parametermodel；

b.使用Graph Pad Prism 9绘制Barcoding gap图，种内距离与种间距离重叠过多的片段将从后续分析中剔除；

c.通过构建系统进化树的方式统计遗传距离分析筛选出的片段的物种鉴定成功率；

d.当进化树上的物种满足以下所有条件时，视为鉴定成功：

1)支持度BI0.8、ML50％或MP50％；

2)节点无多歧分支；

3)同一物种有多个个体时，该物种的所有个体单独聚在1个分支内；

e.根据各个候选基因片段的遗传距离和物种鉴定成功率分析结果，选择结果较好的片段联合做条形码联合序列遗传距离及构建系统树分析。

7.如权利要求1-3任一项所述的獐牙菜属植物鉴别用DNA条形码在鉴定獐牙菜属植物中的应用，其特征在于，包括以下步骤：

在发现一种未知獐牙菜属植物或者其一部分组织时，提取其DNA，选取特定片段描绘DNA条形码，而后与国际数据库内相应的DNA片段的条形码进行比对。如果与其中一个相匹配，便可确认该物种的身份。