[发明专利]一种海南黄牛液相育种芯片及其应用

说明书

本发明公开了一种海南黄牛液相育种芯片及其应用，该芯片的基因分型对象主要包括这518个SNP位点，SNP定位于NCBI牛参考基因组(Bos_taurus_UMD_3.1.1)。该海南黄牛液相育种芯片可应用于海南黄牛血统分析、遗传多样性评估、种质资源和亲缘关系鉴定、遗传图谱构建及基因定位、全基因组关联分析、分子标记辅助育种。本发明的海南黄牛液相育种芯片对海南黄牛具有专属性，可快速实现海南黄牛的基因型分析及品种鉴定，科学引导海南黄牛杂交改良工作，助力海南黄牛种质资源的保护和开发。

技术领域

本发明属于分子检测技术领域，具体涉及一种海南黄牛液相育种芯片，还涉及其应用。

背景技术

海南黄牛又称高峰黄牛、雷琼牛，是中国最南端的黄牛品种，具有瘤牛血统(Bosindicus)，是适应热带和亚热带地区气候与环境条件的优良畜种，主产于广东省湛江市和海南岛各县(市)。海南黄牛具有极强的抗逆、抗高温高湿、繁殖性能稳定等特征，但由于其体型小、生长速度缓慢等劣势，与我国地方优良的役肉兼用型黄牛品种存在一定的差距。因此，积极探索海南黄牛种质资源保护和利用的有效途径，对海南黄牛进行种质资源鉴定和选育极为重要。

分子标记技术是采用分布在生物基因组上的遗传标记作为靶标，测定目标基因组位点和区域的相关基因型变异，从而在整体上代表全基因组水平的遗传变异。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，指的是在基因组水平上的单个核苷酸的变异，是继RFLP、RAPD、AFLP、SSR等分子标记技术之后发展起来的新一代分子标记技术，具有数量多、分布广、较高的遗传稳定性、丰富的多态性、易于检测等优势特点，被广泛应用于性状关联分析、亲缘鉴定等动物分子遗传研究中。

目前高通量SNP检测技术主要采用测序和固相芯片两种策略。测序策略包括测序基因分型(GBS)和全基因组重测序(WGS)，但需要大规模数据积累和强大的生物信息支撑。鉴于随机简化基因组测序存在的种种限制，理想的GBS策略就是从基因组上定点进行测序并获得物理位置相对固定的标记。固相芯片基于探针与DNA序列的互补杂交，通过探针标记物的荧光信号进行分型，但也存在分型成本高、不易定制等缺点。目前，市场上已有的牛SNP固相芯片，如Bovine SNP50等，主要是基于Illumina和Affymetrix基因分型平台的普通牛(Bos taurus)SNP固相芯片，无法用于海南黄牛品种的遗传多样性研究和遗传评估。为了更好的挖掘和保护热带地区瘤牛品种这一宝贵的种质资源，开发一款适合海南黄牛的SNP芯片是有必要的。

近年发展起来的基于SNP的靶向测序基因型检测的液相芯片具有检测效率高、成本低、适应性广、迭代灵活等特点，适合于所有生物遗传变异和基因型的检测，并广泛应用于种质资源评价、遗传图谱构建、基因定位和克隆、分子标记辅助选择等领域。由此，开发出专属于海南黄牛的SNP液相芯片对海南黄牛种质资源保护和利用极为重要。

发明内容

本发明的目的是提供一种海南黄牛液相育种芯片，可快速实现海南黄牛的基因型分析及品种鉴定。

本发明的另一目的是提供上述海南黄牛液相育种芯片在海南黑山羊育种中的应用。

本发明所采用的技术方案是，一种海南黄牛液相育种芯片，该芯片的基因分型对象包括定位于NCBI牛参考基因组Bos_taurus_UMD_3.1.1上的518个SNP位点，SNP位点的位置信息如下所示；

本发明所采用的另一技术方案是，海南黄牛液相育种芯片应用于海南黄牛血统分析、遗传多样性评估、种质资源和亲缘关系鉴定、遗传图谱构建及基因定位、全基因组关联分析、分子标记辅助育种。