[发明专利]基于网络药理学分析心力衰竭治疗药物作用靶点的方法在审
申请号: | 202210957369.6 | 申请日: | 2022-08-10 |
公开(公告)号: | CN115359923A | 公开(公告)日: | 2022-11-18 |
发明(设计)人: | 陈美华;郭进建;黄飞翔;欧阳秋芳;严萍;陈飞;倪志坚;严锦贤;游涛;叶盈;谢胜伟;王永 | 申请(专利权)人: | 福建中医药大学附属第二人民医院(福建省第二人民医院) |
主分类号: | G16H70/40 | 分类号: | G16H70/40;G16H70/60;G16B15/30 |
代理公司: | 北京慕达星云知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 11465 | 代理人: | 田立媛 |
地址: | 350003 福*** | 国省代码: | 福建;35 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 网络 药理学 分析 心力衰竭 治疗 药物 作用 方法 | ||
1.基于网络药理学分析心力衰竭治疗药物作用靶点的方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)分别对心力衰竭治疗药物的成分进行检索筛选,获得潜在活性成分;根据潜在活性成分筛选药物靶点;所述心力衰竭治疗药物包括白术、丹参、桂枝、红参、黄芪、蒲黄、葶苈子和猪苓;
(2)检索心力衰竭疾病作用靶点;
(3)药物靶点与疾病作用靶点取交集,获得药物-疾病共同靶点;
(4)根据潜在活性成分与药物-疾病共同靶点构建药物-成分-靶点-疾病网络,通过与药物-疾病共同靶点的关联个数进行潜在活性成分排序,分析核心成分;
(5)根据药物-疾病共同靶点构建蛋白相互作用的PPI网络,根据PPI网络进行拓扑分析或聚类分析,筛选核心靶点;
(6)根据药物-疾病共同靶点进行关键靶基因GO富集分析与KEGG富集分析;
(7)动物实验验证。
2.根据权利要求1所述的基于网络药理学分析心力衰竭治疗药物作用靶点的方法,其特征在于,
步骤(1)中,
在TCMSP数据库中设定OB≥30%、DL≥0.136,对白术、丹参、桂枝、红参、黄芪、蒲黄、葶苈子、猪苓的成分进行筛选,使用Pumchem数据库获得各成分的SDF结构,导入Swiss TargetPrediction数据库筛选药物靶点。
3.根据权利要求1所述的基于网络药理学分析心力衰竭治疗药物作用靶点的方法,其特征在于,
步骤(2)中,
使用OMIM、Genecards数据库以“heart failure”为关键词进行检索,获得疾病作用靶点。
4.根据权利要求1所述的基于网络药理学分析心力衰竭治疗药物作用靶点的方法,其特征在于,
步骤(3)中,
根据药物靶点与疾病作用靶点绘制韦恩图,取交集,获得药物-疾病共同靶点。
5.根据权利要求1所述的基于网络药理学分析心力衰竭治疗药物作用靶点的方法,其特征在于,
步骤(4)中,
根据潜在活性成分与药物-疾病共同靶点,使用Cytoscape软件,构建药物-成分-靶点-疾病网络;
使用NetworkAnalyzer对构建的药物-成分-靶点-疾病网络进行拓扑分析,通过与药物-疾病共同靶点的关联个数进行潜在活性成分排序,分析核心成分。
6.根据权利要求1所述的基于网络药理学分析心力衰竭治疗药物作用靶点的方法,其特征在于,
步骤(5)中,
利用STRING数据库检索药物-疾病共同靶点,设置蛋白种类为“Homo sapiens”,最低相互作用阈值为0.4,构建蛋白相互作用的PPI网络。
7.根据权利要求1所述的基于网络药理学分析心力衰竭治疗药物作用靶点的方法,其特征在于,
步骤(5)中,
利用STRING数据库检索药物-疾病共同靶点,设置蛋白种类为“Homo sapiens”,最低相互作用阈值为0.4,获取靶点相互作用的网络关系数据;
将靶点相互作用的网络关系数据导入Cytoscape软件,构建蛋白相互作用的PPI网络。
8.根据权利要求6或7所述的基于网络药理学分析心力衰竭治疗药物作用靶点的方法,其特征在于,
步骤(5)中,
将PPI网络导入Cytoscape中,通过NetworkAnalyzer工具进行拓扑分析,选取degree值大于平均分的基因作为核心靶点;
或将已经构建好的PPI网络导入Cytoscape中,使用MCODE模块进行基因簇的分析以及核心靶点的筛选。
9.根据权利要求1所述的基于网络药理学分析心力衰竭治疗药物作用靶点的方法,其特征在于,
步骤(6)中,
基于R软件使用Bioconductor生物信息软件包以Pvalue0.05,Q value0.05进行GO富集分析与KEGG富集分析。
10.根据权利要求1-9任一项所述方法筛选获得的核心靶点在心力衰竭治疗药物筛选、分析、验证中的应用。
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