[发明专利]基于凤丹涝害转录组序列开发的EST-SSR引物及其应用

说明书

本发明公开了基于凤丹涝害转录组序列开发的EST‑SSR引物及其应用，其中基于凤丹涝害转录组序列开发的EST‑SSR引物包括P1‑P20这20对引物，P1‑P20的序列分别如SEQ ID No.1至SEQ ID No.40所示，具有扩增条带清晰、多态性高、重复性好和通用性强等优点，本发明填补了凤丹涝害性状相关候选基因SSR标记的空白，丰富了牡丹EST‑SSR引物数量，可以利用本发明开发的EST‑SSR引物组，进行江南牡丹品种的分子鉴定、遗传多样性分析、亲缘关系分析和分子标记辅助选择育种等方面，特别是为耐涝品种的早期筛选提供了有利的技术手段。

技术领域

本发明涉及SSR分子标记开发技术领域，具体涉及基于凤丹涝害转录组序列开发的EST-SSR引物及其应用。

背景技术

油用牡丹是一种新型的木本油料作物，具有抗干旱、耐瘠薄、抗严寒、耐庇荫等特点。其籽粒提取的牡丹籽油含有高达92％的不饱和脂肪酸，其中，对人体健康非常有利的α-亚麻酸高达43％。油用牡丹主要有凤丹和紫斑两个品系，其中凤丹是适合江南地区种植的主要系列，其根系属于肉质根，对水分较为敏感，是一类不耐涝的植物。江南地区由于雨水较多，特别是在凤丹的结荚期刚好遇到梅雨季节，在很大程度上影响了凤丹的产量。对此，科研工作者尝试通过避雨栽培、限根栽培、农光互补栽培等方式，成功缓解了雨水给凤丹带来的灾害。但只是部分缓解，对于大面积山地栽培及林下套种模式下的凤丹，这些方式实施起来存在一定的困难。因此，为了从根本上解决问题，急需要选择一些耐涝的油用牡丹品种，从品种上来解决油用牡丹因不耐涝造成减产的问题，也便于更快、更大规模地对其进行推广和应用，缓解国内面临的油料紧缺局面。

凤丹属于木本植物，种子播种后三年才能开花结荚，田间选种存在着周期长、范围广、成本高等不利因素。因此，急需开发出一种分子标记手段，能够在早期鉴别出耐涝性较强的品系。另外，大多数凤丹品种都是自开授粉后代，切确亲本未知，给育种工作带来很多不确定因素，常常会造成亲缘关系混淆不清、同名异物或者同物异名等现象。分子标记辅助育种是现代遗传育种学研究的重要方向，在众多的分子标记当中，SSR标记具有多态性高、重复性好、操作简单等优势，已被广泛应用到玉米、大豆、白菜、棉花、菊花、国槐、玉兰、杨梅等植物的品种鉴定、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种等方面。关于牡丹SSR标记的开发，有少量报道，如韩平等在《紫斑牡丹种子高积累碳十八不饱和脂肪酸的多基因调控》中基于紫斑牡丹高通量RNA-seq数据库，开发出调控其油脂合成和脂肪酸积累、种子大小和粒重等目的性状相关基因的SSR标记；罗柳明等在《基于RNA-seq牡丹SSR标记开发及通用性分析》中基于中原牡丹花瓣转录组信息，开发出调控其花色形成相关候选基因的SSR标记；胡永红在公开号CN107881250A的专利申请中提供了一种《基于转录组测序开发的牡丹EST-SSR引物及其开发方法》，基于牡丹不同发育时期的花瓣转录组信息，开发出用于紫斑牡丹、黄牡丹、四川牡丹等野生牡丹分子鉴定的EST-SSR引物。

但是，截至目前，关于江南牡丹凤丹涝害转录组序列SSR标记的开发，尚未见报道。因此，利用凤丹涝害转录组测序获得的序列信息，开发EST-SSR引物，将会为涝害相关重要性状基因的筛选、分子标记辅助选择育种及种质鉴定等提供重要的理论依据。

发明内容

为了解决上述的技术问题，本发明的目的是提供一种基于凤丹涝害转录组序列开发的EST-SSR引物及其应用，本发明开发的EST-SSR引物能够扩增出清晰、稳定且多态性高的条带，能够较好的识别凤丹涝害性状相关基因，筛选出凤丹耐涝害品种，还能用于江南牡丹品种的分子鉴定、遗传多样性分析、亲缘关系分析和分子标记辅助育种。

为了达到上述的目的，本发明采用了以下的技术方案：

基于凤丹涝害转录组序列开发的EST-SSR引物，包括以下20对引物：

引物对P1，其序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示；

引物对P2，其序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示；