[发明专利]一种高亚精胺含量的大豆育种方法

权利要求书

1.一种高亚精胺含量的大豆育种方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1、利用现有构建完成的高亚精胺含量种质ZYD00006和低亚精胺含量种质绥农14染色体片段代换系群体的重测序结果，结合2年3点不同环境条件下亚精胺表型数据，进行QTL分析获得稳定表达的大豆亚精胺含量QTL主效位点qSpd19-2，筛选带有大豆亚精胺含量QTL主效位点qSpd19-2且亚精胺含量极端高的大豆个体；

S2、将筛选的带有大豆亚精胺含量QTL主效位点qSpd19-2且亚精胺含量极端高的大豆个体与亲本绥农14回交，南繁加代，获得目标性状次级F2群体；筛选亚精胺含量极端个体分别构建混合池，采用BSA法进行QTL分析，结合F2群体定位结果，进一步缩短QTL区间；在此基础上，筛选仅目标区间为杂合基因型的个体，自交创建针对拟窄缩目标区段的次级群体，构建目标区域局部饱和遗传图谱，完成qSpd19-2的精细定位；

S3、基于qSpd19-2的精细定位结果，结合两个亲本及代换系重测序信息，参照大豆公共数据库，将目标区间内标记对应在大豆基因组上，在亲本基因组中提取目标区间序列信息，利用生物信息学方法进行基因预测、注释及分类，筛选其中可能与亚精胺合成、代谢或调控相关的基因作为候选基因；采用qRT-PCR鉴定候选基因的表达，结合亚精胺含量数据，计算其表达量与亚精胺含量的相关性，最终确定并克隆候选基因GmqSpd19-2；

S4、利用已经发表的大豆重测序资源，分析GmqSpd19-2基因的单倍型，挖掘基因的等位变异，并对具有变异的品种进行亚精胺含量分析，鉴定亚精胺含量提高的等位变异，开发分子标记，并将高亚精胺含量的等位变异回交导入大豆主栽品种中，获得高亚精胺含量的大豆主栽品种。

2.根据权利要求1所述的高亚精胺含量的大豆育种方法，其特征在于，所述步骤S2具体包括：

S21、根据步骤S1的大豆亚精胺含量QTL主效位点qSpd19-2，筛选携带目标QTL且亚精胺含量极端高个体材料与亲本绥农14回交，南繁加代，获得目标性状次级F2群体并进行表型鉴定；将筛选到的亚精胺含量高、低极端个体各30株的DNA等量混合，构建2个亲本池和2个极端表型混池；采用BSA法对亚精胺含量进行QTL分析，利用IllunimaCasava1.8进行碱基识别分析，采用双端150bp测序策略进行基因组测序；将Wm82.a2.v1作为参考基因组，使用GATK软件工具实现SNP的检测，通过SnpEff软件进行变异注释和预测变异影响；采用ED和SNP-index关联分析法进行关联分析，集中区域中的SNP标记可作为候选标记进行后续验证和精细定位，对初定位区间进一步窄缩；

S22、筛选具有窄缩目标片段的杂合个体进行自交，获得针对窄缩目标片段的次级分离群体，在目标区间基因组中利用已有公用引物SSR标记，同时开发部分SNP和InDel标记，寻找并合成尽可能多的双亲差异引物；利用两个亲本重测序信息在目标区间开发并合成差异引物，对目标区间进行引物扩增，统计基因型；应用3.0软件构建目标区段局部饱和遗传图谱，用Kosambi函数将重组率转化成遗传距离cM，以LOD＝10.0为阈值确定标记间的顺序，应用QTLnetwork2.0的NWIM法，以0.1cM为扫描步长对目标区段进行扫描，构建目标区域局部饱和遗传图谱，实现qSpd19-2的精细定位。