[发明专利]太行鸡羽色相关的单核苷酸多态性位点及其应用

说明书

本发明公开了一组太行鸡羽色相关的单核苷酸多态性位点，所述单核苷酸多态性位点用于太行鸡的分子标记辅助选择育种，以获得特定羽色的太行鸡品种；所述单核苷酸多态性位点在基因组版本GGA 6中的物理距离为Chr1:189306901；所述单核苷酸多态性位点有A/A、A/G和G/G三种基因型。本发明利用全基因组关联分析定位到了鸡一号染色体与鸡白羽性状相关联的主要QTL，改区域突变导致鸡产生白羽性状，对于鸡羽色性状的选育具有重要意义。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，尤其涉及与太行鸡羽色相关的分子育种技术。

背景技术

鸟类得羽毛颜色是动物色素研究的重点，它是品种、种群和繁育群体重要的外貌特征，也是重要的遗传标记。羽毛颜色性状由基因调控，包括调控色素的含量和比例以及色素在单根羽毛中的分布状况等；同一种色素在不同的生理阶段表现出来的表型性状可能也不相同，在鸡育种过程中，选育品种羽色性状的整齐性具有重要意义，全面了解不同羽色性状的遗传调控机制将有助于建立具有显著羽色标识的品种。

分子标记是遗传学研究的重要材料。单核苷酸多态性标记因其数量多、分布广泛、易于准确鉴定等特点，被广泛地应用于人类和动植物各项遗传学研究，包括遗传图谱构建，连锁分析，关联分析，基因组预测等。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)标记是第三代遗传标记，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基 的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。SNP位点辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。

全基因组关联分析(Genome-wide association studies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序技术成为高通量SNP分型的有力工具，对于少数样本的研究而言，通过高深度全基因组测序便可以充分获取样本基因组信息，然而对于群体遗传学而言，目前高深度全基因组测序用于大规模样本还过于昂贵。在这种背景下，研究人员摸索出了一种大样本低深度重测序的新型测序策略。该策略首先对群体中所有个体进行全基因组低深度测序和变异查找，之后根据SNP位点间的连锁不平衡 (Linkage Disequilibrium, LD) 对缺失基因型进行推断，最终获取大规模样本全基因组水平的高密度遗传标记。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供太行鸡羽色相关的单核苷酸多态性SNP位点及其应用。

为解决上述技术问题，本发明所采取的技术方案如下。

太行鸡羽色相关的单核苷酸多态性位点，所述单核苷酸多态性位点用于太行鸡的分子标记辅助选择育种，以获得特定羽色的太行鸡品种；所述单核苷酸多态性位点在基因组版本GGA 6中的物理距离为Chr1:189306901。

作为本发明的一种优选技术方案，所述单核苷酸多态性位点的等位基因为A和G。

作为本发明的一种优选技术方案，所述单核苷酸多态性位点有A/A、A/G和G/G三种基因型。

上述单核苷酸多态性位点的用途，用于开发与太行鸡羽色相关的分子标记及其引物。

上述单核苷酸多态性位点的用途，用于太行鸡的分子标记辅助选择育种，以获得特定羽色的太行鸡品种。

作为本发明的一种优选技术方案，上述单核苷酸多态性位点用于太行鸡的分子标记辅助选择育种，以获得特定羽色的太行鸡品种，包括如下实施步骤：

A、通过开发的分子标记及其引物检测样品鸡在所述SNP位点的基因型；

B、选择具有特定等位基因基因型的样品鸡进行优势品系的选育，以获得特定羽色的太行鸡品种。