[发明专利]用于抗斑萎病烟草13号染色体背景筛选的引物组及其应用

权利要求书

1.用于抗斑萎病烟草育种背景筛选的PCR引物组合，其特征在于，包括第一PCR引物组和/或第二PCR引物组；

所述第一PCR引物组由核苷酸序列如SEQ ID NO:1-3所示的三条引物组成；所述第二PCR引物组由核苷酸序列如SEQ ID NO:4-6所示的三条引物组成；

所述抗斑萎病烟草为供体亲本Polalta烟草和受体亲本K326烟草的杂交及回交后代；

所述第一PCR引物组用于扩增烟草13号染色体上1553823bp处的SNP位点，在此位点K326烟草的基因型为C，Polalta烟草的基因型为A；

所述第二PCR引物组用于扩增烟草13号染色体上3327176bp处的SNP位点，在此位点K326烟草的基因型为G，Polalta烟草的基因型为A；

其中SNP位点在染色体上的位置是基于K326烟草的全基因组序列而确定的。

2.用于抗斑萎病烟草育种背景筛选的KASP引物组合，其特征在于，包括第一KASP引物组和/或第二KASP引物组；

所述第一KASP引物组由F1-1，F1-2和R1三条引物组成，其中F1-1从5’端至3’端由第一标签序列与SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列串联而成；F1-2从5’端至3’端由第二标签序列与SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列串联而成；R1的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示；

所述第二KASP引物组由F2-1，F2-2和R2三条引物组成，其中F2-1从5’端至3’端由第一标签序列与SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列串联而成；F2-2从5’端至3’端由第二标签序列与SEQ ID NO:5所示的核苷酸序列串联而成；R2的核苷酸序列如SEQ ID NO:6所示；

所述第一标签序列和所述第二标签序列的核苷酸序列不同并且与烟草基因组序列不同源；

所述抗斑萎病烟草为供体亲本Polalta烟草和受体亲本K326烟草的杂交及回交后代；

所述第一KASP引物组用于扩增烟草13号染色体上1553823bp处的SNP位点，在此位点K326烟草的基因型为C，Polalta烟草的基因型为A；

所述第二KASP引物组用于扩增烟草13号染色体上3327176bp处的SNP位点，在此位点K326烟草的基因型为G，Polalta烟草的基因型为A；

其中SNP位点在染色体上的位置是基于K326烟草的全基因组序列而确定的。

3.一种试剂盒，其特征在于，包含权利要求1所述的PCR引物组合或权利要求2所述的KASP引物组合。

4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2所述的KASP引物组合和PCR预混液；所述PCR预混液包含第一荧光探针、第一淬灭探针、第二荧光探针和第二淬灭探针；

所述第一荧光探针的核苷酸序列与KASP引物组中的第一标签序列的核苷酸序列一致，其5’端连接第一荧光基团；所述第一淬灭探针的核苷酸序列与所述第一标签序列的核苷酸序列反向互补，其3’端连接淬灭基团；

所述第二荧光探针的核苷酸序列与KASP引物组中的第二标签序列的核苷酸序列一致，其5’端连接第二荧光基团；所述第二淬灭探针的核苷酸序列与所述第二标签序列的核苷酸序列反向互补，其3’端连接淬灭基团。

5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，

所述第一标签序列为GAAGGTGACCAAGTTCATGCT；

所述第二标签序列为GAAGGTCGGAGTCAACGGATT；

所述第一荧光基团为FAM，所述第二荧光基团为HEX。

6.权利要求1所述的PCR引物组合或权利要求2所述的KASP引物组合或权利要求3-5任一所述的试剂盒在抗斑萎病烟草育种中的应用。