[发明专利]一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合、试剂盒及应用

说明书

本发明公开了一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合、试剂盒及应用，所述引物组合由反应液A和反应液B组成；所述反应液A包括丙型肝炎病毒1型引物与探针、丙型肝炎病毒2型引物与探针和丙型肝炎病毒6型引物与探针，所述反应液B包括丙型肝炎病毒3型引物与探针、丙型肝炎病毒4型引物与探针和丙型肝炎病毒5型引物与探针；所述引物组合用于检测6个基因型丙型肝炎病毒。本发明有益效果在于，本发明以荧光PCR技术为基础，利用不同荧光通道对丙型肝炎病毒进行基因分型，辅助抗病毒药物的选择，简单、快速，有助于临床精准治疗。

技术领域

本发明涉及病毒检测的技术领域，具体涉及一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合、试剂盒及应用。

背景技术

丙型肝炎病毒(hepatitis C virus，HCV)属黄病毒科(Family Flaviviridae)，是一种有包膜的正链RNA病毒。HCV感染人肝细胞会导致慢性肝炎、肝纤维化、肝硬化和肝癌等疾病，且尚无疫苗用于丙型肝炎病毒的免疫预防。据相关文献，中国约有1400万丙型肝炎病毒抗体阳性人群，成人丙肝病毒抗体阳性率约1.3％。丙型肝炎隐匿度高，容易漏诊，而且公众对丙肝的认知率较少，治疗水平低，造成丙肝病情蔓延。

丙型肝炎病毒基因组全长约9.6kb,丙型肝炎病毒只有1条RNA作为遗传信息，分为1、2、3、4、5、6个基因型，每个基因型又分为a、c、d、e、f、g直至t等亚型。HCV基因组发生突变的概率高，各亚型间基因组不同区域的保守程度有显著差异，其中5’UTR区差异和进化率较低，在不同的亚型中具有最高的保守性。HCV各基因型的分布有明显的差异，1、2、3型在全球广泛分布，4型主要分布在北非和中东国家，5型主要分布在非洲南部，6型主要在东南亚地区流行。我国北方的HCV感染以1b、2a型为主，多为血液传播，如输血、有偿献血等，而西南、华南区域3a、3b、6a亚型逐渐增多，并相继发现2b、4a、5a、6b等亚型。

HCV基因分型在丙肝的流行病学研究以及临床治疗有重要意义，HCV基因型对药物与治疗方案的应答具有显著差异，目前的多数研究认为HCV1、4型对干扰素治疗的应答反应较差，而2、3型的应答反应较好，1a型在接受DAAs治疗时则易发生RAVs。临床研究中观察到HCV各基因型之间对于IFNa的治疗存在差异，同样的治疗进程，基因型2、3感染患者对干扰素的SVR率是基因型1感染者的2-3倍，基因1型感染经PEGIGNa治疗24周后的复发率约60％，显著高于其他基因型感染(33.3％)。IFNa+利巴韦林治疗时，4型感染的SVR类似或低于1型感染，5型感染的SVR接近2型和3型，6型感染的SVR介于1型、2型和3型之间。泛基因型直接抗病毒药物DAAs标志着丙型肝炎的治疗进入新的时代，但DAAs药物如达拉他韦、阿舒瑞韦、达赛布韦等适合1型HCV感染人群，艾尔巴韦、达诺瑞韦适用基因1型、4型患者，其他基因型患者治疗效果差或易出现RAVs。

发明内容

针对现有技术的不足，本发明旨在提供一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合、试剂盒及应用，本发明设计了针对丙型肝炎病毒1-6型特异性的引物与探针的组合物，能够特异性的识别人血清或者血浆中的HCV RNA，通过反转录-实时荧光PCR反应，实现对HCVRNA的定性检测和基因分型，从而为丙肝的流行病学研究以及临床治疗提供参考。

为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种丙型肝炎病毒基因分型的引物组合，所述引物组合由反应液A和反应液B组成；所述反应液A包括丙型肝炎病毒1型引物与探针、丙型肝炎病毒2型引物与探针和丙型肝炎病毒6型引物与探针，所述反应液B包括丙型肝炎病毒3型引物与探针、丙型肝炎病毒4型引物与探针和丙型肝炎病毒5型引物与探针；所述引物组合用于检测6个基因型丙型肝炎病毒，其中：

所述丙型肝炎病毒1型引物与探针:

正向引物(F)：GTCTGCGGAACCGGTGAGTACACCGGAA；

反向引物(R)：AAAGGCCTTGTGGTACTGCCTGATAG；