[发明专利]一种基于NGS扩增子测序技术的IGH超突变检测方法及系统

权利要求书

1.一种基于NGS扩增子测序技术的IGH超突变的序列处理方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

1)使用Leader-J引物对和FR1-J引物对分别对同一样本进行扩增建库，分别NGS测序获得原始下机数据；

2)下机数据过滤低质量reads；

3)过滤非特异性扩增片段，同时将测序数据归类至相应引物类别；

4)切除插入片段中5’端PCR扩增引物；

5)对4)处理后的测序序列进行对比和拼接，得到FR1-J间完整的扩增序列mergeFR1，和Leader-J引物对扩增的上游序列Leader-R1和下游序列Leader-R2；

6)分别对FR1-J间完整的扩增序列mergeFR1和Leader-J引物对扩增的下游序列Leader-R2进行无监督聚类；

7)聚类后基于二者序列间overlap的相似性评分，完成全长目标序列组装；

所述步骤1)中，所述扩增建库为：选取FR1及J端保守区域设计多重PCR引物FR1-J引物对，扩增CDR3区域的全长、J区以及部分V区的序列；选取Leader区域与J端保守区域设计多重PCR引物对Leader-J引物对，补充扩增Leader与FR1之间序列间隔；使用Leader-J引物对和FR1-J引物对分别对同一样本进行扩增并进行文库构建；

所述步骤1)中，所述NGS测序为NGS-PE250技术平台测序；

所述步骤5)中，所述拼接为：FR1-J引物对的PCR扩增产物序列短，测序得到的R1与R2之间存在overlap，拼接完成后得到FR1-J间完整的扩增序列mergeFR1；Leader-J引物对间距离远，上下游序列无overlap，无法对其进行拼接，仍为独立的上下游序列Leader-R1和Leader-R2；

所述步骤7)中，所述组装为：聚类后，取mergeFR1聚类结果中序列数占比高于5％的聚类、Leader-R2聚类结果中序列数占比高于5％的聚类，基于二者序列间overlap的相似性评分，完成全长目标序列组装。

2.根据权利要求1所述的序列处理方法，其特征在于，所述步骤3)中，所述过滤非特异性扩增的片段具体为：测序序列与各自引物序列比对，设置相关比对阈值，过滤非特异性扩增的片段。

3.根据权利要求1所述的序列处理方法，其特征在于，所述步骤3)进一步包括：计算引物特异性扩增reads比例，评估引物扩增效率和实验数据的有效比例。

4.一种电子设备，其特征在于，包括：处理器和存储器；所述处理器和存储器相连，其中，所述存储器用于存储计算机程序，所述处理器用于调用所述计算机程序，以执行如权利要求1-3任一项所述的方法。

5.一种计算机存储介质，其特征在于，所述计算机存储介质存储有计算机程序，所述计算机程序包括程序指令，所述程序指令当被处理器执行时，执行如权利要求1-3任一项所述的方法。