[发明专利]一种与绵羊体尺性状相关的分子标记、其检测方法及应用

说明书

本发明提供了一种与绵羊体尺性状相关的分子标记，其检测方法及应用，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第327bp位的Y表示T或C。本发明通过对湖羊PLEC基因进行PCR扩增和序列分析，发现在扩增片段的第327位，即PLEC基因的第23157位存在一个T/C多态性位点，进一步使用KASPar引物对1313只湖羊的多态性位点进行检测和建立最小二乘模型，对基因型与生长性状进行关联分析，最终确定了本发明扩增的CC基因片段可以作为与绵羊体尺性状相关的分子标记。本发明通过检测该分子标记，可用于选留基因为CC纯合型绵羊进入核心群作为种羊，以提高绵羊的体尺性状，有助于增加经济效益。

技术领域

本发明属于分子标记的技术领域，具体涉及PLEC基因片段作为影响绵羊体尺性状的分子标记、其检测方法及应用。

背景技术

PLEC编码Plectin。Plectin即PLEC，是一种具有约4500个氨基酸残基的多肽链长度的巨大细胞骨架蛋白。PLEC对所有类型的介导中间丝(IF)亚单位蛋白质都有结合位点，并且在连接和锚定细胞的组织和性能方面发挥着重要作用(Wiche G，2011)。PLEC广泛分布于人体内，主要存在于骨骼肌中，发挥其生理功能。据报道，其错义、移码和剪接位点突变将导致近100种人类疾病(Zrelski MM，2021)。此外，一些研究表明，PLEC可以促进肌肉细胞分化和增殖，抑制其凋亡，并调节骨骼肌发育(Huadong Yin,2021)。但是PLEC基因在绵羊上的研究较少，具体对绵羊的有何作用，尤其是在生产实践中的影响并不清楚。

绵羊是肉、奶制品和羊毛的重要来源，在全球农业经济中起着至关重要的作用。体型是绵羊产业的关键特征(Tao L et al，2020.)。湖羊是著名的多产品种，四季发情，生长快，性成熟早，产羔数高(Feng et al.，2018)。湖羊主要分布在长江一带。错义突变发生在编码区，导致翻译缺陷蛋白，并与许多疾病有关(Lee et al.，2008)。同义突变在非编码区域并不产生改变的蛋白质，而是改变DNA和RNA序列，有被视为沉默突变，因此很容易被忽略(Sharma et al.)。然而，同义突变可以改变mRNA的稳定性、剪接调节位点、miRNA结合位点或翻译效率，从而导致蛋白质水平或蛋白质构象的改变(Sauna et al，2011)。本发明通过对PLEC基因进行测序和分析，探讨其不同基因型与绵羊体尺之间的关联，旨在为提高绵羊体尺的遗传改良方面提供基因素材，加速自主知识产权的快速生长型优质肉羊新品种的培育进程。

发明内容

为了克服现有技术的缺陷，本发明提供一种作为与绵羊体尺性状相关的分子标记、其检测方法及应用。

为实现上述目的，本发明采用以下的技术方案为：

一种与绵羊体尺性状相关的分子标记，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第327bp位的Y表示T或C；由于上述序列在第327位，即PLEC基因的第23157位碱基处有一个T/C突变，从而导致了绵羊PLEC基因在该位点的T/C多态性。

用于检测上述分子标记的引物对，任何可特异性扩增本发明上述分子标记或包含上述多态性位点的片段的引物均适用于对该分子标记进行检测，优选地，其包括引物M-F和引物M-R，所述引物M-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，引物M-R的核苷酸序列如SEQ IDNO.3所示。

用于检测上述分子标记的引物对，优选为KASPar引物对，其包括用于检测AlleleC的正向引物A1、用于检测AlleleT的正向引物A2和通用反向引物C，所述检测AlleleC的正向引物A1的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，所述检测AlleleT的正向引物A2的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，所述通用反向引物C的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。

一种用于检测上述分子标记的检测试剂盒，所述试剂盒中包含了检测上述分子标记的引物对或KASPar引物对。