[发明专利]一种豹纹鳃棘鲈内参基因ef2及其引物和应用

说明书

本发明公开了一种豹纹鳃棘鲈内参基因ef2，内参基因的核苷酸序列如SEQID NO：1所示。还公开了用于扩增所内参基因ef2的引物，正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。还进一步公开了上述豹纹鳃棘鲈内参基因ef2或引物在豹纹鳃棘鲈体色调控相关基因筛选或研究中的应用。本发明利用分析软件对ef2基因的稳定性进行评价，内参基因ef2在成鱼不同组织中和不同体色皮肤中最稳定。本发明所设计的实时荧光定量PCR引物特异性强，具有很高的稳定性、可靠性和重复性，为豹纹鳃棘鲈成鱼各组织和皮肤体色相关功能基因的精确定量提供有力支持。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种豹纹鳃棘鲈内参基因ef2及其引物和应用。

背景技术

豹纹鳃棘鲈(Plectropomusleopardus)又名东星斑，隶属鲈形目、鮨科、石斑鱼亚科、鳃棘鲈属，为暖水性名贵礁栖鱼类。该物种肉质细嫩，肉味鲜美，具有高蛋白、低脂肪、低胆固醇的特点，经济价值高，特别是色彩鲜艳者，深受广大消费者青睐，具有广阔的市场前景。体色是豹纹鳃棘鲈重要的经济性状，市场上红色个体的售价往往是其他颜色的两倍以上。探讨豹纹鳃棘鲈体色形成的分子调控机制及其影响因素，具有重要的理论价值和现实意义。

理想的内参基因应该是在不同组织、不同生长阶段及不同环境条件下保持表达水平恒定。然而，目前尚未成功报道适用于所有不同条件的内参基因。因此，根据实验条件和实验材料筛选合适的内参基因，已成为应用实时荧光定量PCR进行基因功能分析的重要前提。

目前，豹纹鳃棘鲈仅见内参基因如β-actin、gapdh，其它关于该物种内参基因的筛选研究未见报道，尤其缺乏适合于豹纹鳃棘鲈体色调控相关基因表达研究的内参基因。

发明内容

本发明的目的在于提供一种豹纹鳃棘鲈内参基因ef2。

本发明的目的还在于提供用于扩增上述豹纹鳃棘鲈内参基因ef2的引物。

本发明的最后一个目的在于提供上述豹纹鳃棘鲈内参基因ef2或引物在豹纹鳃棘鲈体色调控相关基因筛选或研究中的应用。

本发明的上述第一个目的可以通过以下技术方案来实现：一种豹纹鳃棘鲈内参基因ef2，所述内参基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。

本发明通过从豹纹鳃棘鲈转录组数据获得内参基因ef2，利用BestKeeper、GeNorm、NormFinder和RefFinder等分析软件对该基因的稳定性进行评价，表明该基因适用于豹纹鳃棘鲈成鱼各个组织和不同体色皮肤中基因表达研究，并用该基因为基础设计了实时荧光定量PCR引物，为后续豹纹鳃棘鲈体色相关功能基因的精确定量及功能研究奠定基础。

本发明的上述第二个目的可以通过以下技术方案来实现：用于扩增上述豹纹鳃棘鲈内参基因ef2的引物，所述引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，所述反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。

该内参基因是在分析豹纹鳃棘鲈转录组数据基础上，以豹纹鳃棘鲈成鱼不同组织和不同来源虾青素增色饲料投喂下不同体色皮肤组织cDNA为模板，以所述内参基因ef2的核苷酸序列为基础，利用Primer Premier 6.0软件、并遵循实时荧光定量PCR引物设计的原则设计出一对荧光定量特异引物，该对荧光定量特异引物即为所述实时荧光定量PCR引物；

具体引物序列为：

正向引物5'-gcagcttgaacctgaagacc-3'(如SEQ ID NO：2所示)；

反向引物5'-ggctgcatacatctcagcaa-3'(如SEQ ID NO：3所示)。