[发明专利]一种MALAT1基因SNP位点及其作为胃癌预后标志物的应用

说明书

本发明公开了一种MALAT1基因SNP位点及其作为胃癌预后标志物的应用，具体涉及分子生物学、基因检测技术领域。一种预测胃癌预后的试剂盒，包括检测SNP位点rs591291、rs11227209、rs619586多态性的试剂。本发明的建立了统一的标准的数据库和标本库：以标准化操作采集外周空腹静脉血，系统收集完整的人口流行病学资料和临床病理信息；本发明提取外周血的DNA，采用等位基因特异性PCR和KASPar方法进行SNPs分型。本发明建立了统计学分析，并筛选出可以作为胃癌预后预测的SNPs位点。本发明根据与胃癌预后生存相关的SNP位点开发检测试剂盒。

技术领域

本发明涉及生物医学领域，具体涉及分子生物学、基因检测技术领域，再具体涉及一种MALAT1基因SNP位点及其作为胃癌预后标志物的应用。

背景技术

目前，胃癌是世界上发病率占第六位、致死率占第三位的恶性肿瘤。对于胃癌的致癌因素，学者们发现，基因水平的改变，即遗传变异占了很大一部分比例。基因的变异包括染色体的改变以及基因水平的改变，至于对后者的贡献最大的遗传变异即为单核苷酸多态(SNPs)。目前，SNPs可以作为多种肿瘤的预警生物标志物、个体化医疗管理、个体化治疗等的新手段，在肿瘤的初筛、预后、治疗以及病情进展监控中起着极为重要的作用。

长链非编码RNA(lncRNAs)是长度超过200bp的单链核苷酸分子，其不能翻译为蛋白质，却有着调控基因表达的功能。在lncRNAs基因区域存在SNPs，这些SNPs变异已被公认可以作为肿瘤风险及预后预测的生物标志物。

MALT1(Metastasis associated in lung adenocarcinoma transcript 1)，基因长度8.5kb，基因位于11q13，是一个具有“癌基因”特性的lncRNAs，其被报道与多种信号转导通路的失调有关，因此可以作为肿瘤发生、发展、预后以及治疗的生物标志物。本团队前期发现，MALAT1的启动子区rs4102217多态可以预测肝细胞肝癌的发病风险，但目前，MALAT1基因的SNPs位于是否与胃癌的预后存在相关性还未见报道公布，其是否可以作为胃癌预后的生物标志物还尚未可知。

单个碱基的转换、颠换或由碱基的插入、缺失引起核苷酸变异导致的DNA序列多态性，是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的80％以上，人群中变异频率高于1％，这也是区别于点突变的一个重要因素。在遗传学分析中，SNPs具有高频、稳定和易分析等特点。研究发现，SNPs与肿瘤，特别是胃癌的发生发展具有较强的关联性。SNPs检测主要方法有时间飞行质谱(MALDI-TOFMS)技术、荧光定量PCR技术、基因芯片技术、变形高效液相色谱等。

随着高通量SNP检测技术方法的出现，作为数量最多且易于批量检测的多态标记，SNP在连锁分析与基因定位，包括复杂疾病特别是肿瘤的基因定位、关联分析、个体和群体对环境致病因子与药物的研究中将发挥愈来愈重要的作用。随着技术的发展，SNP检测费用也越来越经济，SNP标志物将成为新一代分子标记。

目前国内外均没有学者采用MALAT1的SNP作为胃癌患者预后评估的分子标志物。

发明内容

为此，本发明提供一种MALAT1基因SNP位点及其作为胃癌预后标志物的应用，以解决现未有采用MALAT1的SNP作为胃癌患者预后评估的分子标志物问题。

本发明发现，MALAT1基因的三种SNPs位点均与胃癌的预后相关，本发明专利公布了可以预测胃癌预后生存时间的生物标志物的检测方法，为已经罹患胃癌的患者进行积极的干预治疗、提高胃癌患者的预后生存质量提供了一种可预测的办法。

为了实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

根据本发明的第一方面提供一种预测胃癌预后的试剂盒，包括检测SNP位点rs591291、rs11227209、rs619586多态性的试剂。