[发明专利]一种二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合的扩增引物及其应用

说明书

本发明公开了一种二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合的扩增引物，所述二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合的扩增引物为25对，其核苷酸序列依次如SEQ IDNO：1～50所示，用于扩增的二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合为50个，编号分别为ECSNP1～ECSNP50，分别位于如SEQ ID NO：51～75所示的序列中。还公开了上述引物在二长棘犁齿鲷遗传多样性分析中的应用。本发明首次在二长棘犁齿鲷上批量建立了具有丰富多态性的SNP分子标记，筛选出了25对多态性引物，为二长棘犁齿鲷的家系鉴定、种群遗传结构、遗传育种，增殖放流等研究提供了高效的分析技术工具。

技术领域

本发明属于鱼类遗传育种领域，具体涉及一种二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合的扩增引物及其应用。

背景技术

二长棘犁齿鲷(Evynnis cardinalis LacèECde,1802)曾名二长棘鲷(Parargyrops edita Tanaka,1916)，隶属于鱼纲Pisces、鲈形目ECrciformes、鲷科Sparidae、犁齿鲷属Evynnis，分布于北太平洋西部，我国产于南海、东海南部。栖息于近海水深20～70米的沙泥底水域。其主要食物有鱼虾类、沙蚕类、幼小软体管蛸类，是一种重要的经济鱼类。随着过度捕捞加剧和渔场环境改变，野生二长棘犁齿鲷的数量和种群结构发生了巨大的变化。1960～1970年间，曾居底拖网渔业产量第一位，占比最高达29.3％。1980～1990年间几不能形成渔汛。1999年实行休渔制度后，二长棘犁齿鲷野生资源量曾一度显著恢复，但近年来该鱼种渔业资源又进入衰退状态。尽管近些年来其野生资源量锐减，但在南海北部湾渔业中二长棘犁齿鲷的野生产量仍占优势地位。

目前二长棘犁齿鲷的研究主要为资源分布与变动、种群参数估计、种群动力学特征、摄食习性、开发保护策略和休渔效果等方面，而在二长棘犁齿鲷遗传育种方面开展的工作较少。苏天凤等人对二长棘犁齿鲷的种群结构和遗传多样性做了初步分析。张殿昌等人克隆了二长棘犁齿鲷线粒体细胞色素b(Cyt b)基因，并利用该基因对几种鲷科鱼类的分子系统发育进行了分析。杨兵等人对二长棘犁齿鲷微卫星标记进行了开发与评价。此外，还有学者基于高通量测序技术筛选了少量二长棘犁齿鲷的微卫星标记。目前随着测序技术的飞速发展，大量的SNP应用到水产动物，如鲷科鱼类的黄鳍棘鲷等。这些SNPs具有高多态性，分布广泛等众多优点，在鲷科鱼类遗传育种中具有广泛的应用前景。目前，尚未见二长棘犁齿鲷SNP位点筛选的报道。

发明内容

本发明第一个目的在于提供一种二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合的扩增引物，该引物能用于扩增二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合。

本发明目的还在于提供上述的扩增引物在二长棘犁齿鲷遗传多样性分析中的应用。

为实现上述第一目的，本发明采用以下技术方案：

一种二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合的扩增引物，所述扩增引物为25对，每对扩增引物包括一正向引物和一反向引物，25对引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO：1～50所示，用于扩增的二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合为50个，编号分别为ECSNP1～ECSNP50，所述ECSNP1～ECSNP50位于如SEQ ID NO：51～75所示的序列中，50个二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合与25对引物的对应关系如下所示：

进一步的，50个二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合如下：

本发明中二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合的扩增引物及二长棘犁齿鲷SNP位点标记组合的筛选方法，包括以下步骤：

(1)提取二长棘犁齿鲷样品的基因组DNA，建立测序文库；

(2)采用Illumina HiSeq测序平台进行简化基因组测序，获得二长棘犁齿鲷原始序列；