[发明专利]用于鉴定不同产地红柴胡的InDel标记及其应用

权利要求书

1.一种用于鉴定不同产地红柴胡的InDel标记，其特征在于：所述InDel标记位于叶绿体基因组LSC区trnE-UUC基因下游，对于陕西榆林红柴胡，其具有SEQ ID NO.1所示的特征序列，即在155bp处具有AAAATTAATTAA；对于黑龙江大庆的红柴胡，其具有SEQ ID NO.2所示的特征序列，相对于SEQ ID NO.1所示的序列，其155bp处缺失了AAAATTAATTAA。

2.用于鉴定不同产地红柴胡的引物，其特征在于：上游引物的靶标位于SEQ ID NO.2所示序列的1～120bp区间；下游引物的靶标位于SEQ ID NO.2所示序列180～247bp区间。

3.根据权利要求2所述的引物，其特征在于：

上游引物为BSIDM-YD1-F：5’-TGCCCATTGTATGAACCGCT-3’，

上游引物为BSIDM-YD1-R：5’-AATTTCCGTAGTGGGAGCCC-3’；

所述引物扩增陕西榆林的红柴胡所得特征条带为259bp，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；

所述引物扩增黑龙江大庆的红柴胡所得特征条带为247bp，核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。

4.一种用于鉴定不同产地红柴胡的试剂盒，其特征在于：包括权利要求2或3所述的引物，以及DNA提取试剂、PCR扩增反应试剂，进一步优选还包括PCR扩增产物测序试剂或凝胶电泳试剂。

5.权利要求1所述的Indel标记或权利要求2～3任一项所述的引物在以下任一中的应用：

(1)鉴定区别来自榆林、大庆两个主产区的红柴胡植物及药材；

(2)鉴定区别来自榆林、大庆两个主产区的红柴胡标本。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于：是采用新鲜或者干燥的含叶绿体的组织进行鉴定，优选采用叶片鉴定。

7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，包括如下步骤：提取待测样品的基因组DNA作为模板，采用权利要求2所述的引物进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行分析，判断待测样品的产地。

8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于：对PCR扩增产物进行测序分析，待分析序列与SEQ ID NO.1所示的序列同源对比，与SEQ ID NO.1所示序列的155bp处相对应的位置具有“AAAATTAATTAA”序列的红柴胡材料，可判断产地为陕西榆林；反之在该处对应位置上缺失“AAAATTAATTAA”序列的红柴胡材料，其产地为黑龙江大庆或非陕西榆林。

9.根据权利要求7所述的应用，其特征在于：上游引物为BSIDM-YD1-F：5’-TGCCCATTGTATGAACCGCT-3’，上游引物为BSIDM-YD1-R：5’-AATTTCCGTAGTGGGAGCCC-3’；

对PCR扩增产物进行分析，扩增产物为259bp的红柴胡产地为陕西榆林，扩增产物为247bp的红柴胡产地为黑龙江大庆；优选对PCR扩增产物进行测序分析或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测分析。

10.根据权利要求7所述的应用，其特征在于：

PCR扩增的反应体系为：总反应体系20μL，浓度3-7ng·μL^-1的基因组DNA 2μL，浓度30-70ngμL^-1的引物BSIDM-YD1-F/BSIDM-YD1-R各1μL，10μL 2×Phanta Max Master Mix，6μL双蒸水；

PCR扩增的程序为：95℃预变性3分钟；95℃变性15秒，55℃退火15秒，72℃延伸30秒，35个循环；72℃保温5分钟。