[发明专利]一种用于鉴定西瓜皮厚度的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及一种用于鉴定西瓜皮厚度的SNP分子标记及其应用，涉及生物技术领域，所述SNP分子标记位于西瓜基因组第2号染色体的第32344170位碱基，所述碱基为C或T，若基因型为CC，则对应西瓜皮厚度小于等于0.6cm，若基因型为GG，则对应西瓜皮厚度大于0.6cm。有效加速育种进程，提高育种效率，对西瓜育种具有重要的意义。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种用于鉴定西瓜皮厚度的SNP分子标记及其应用。

背景技术

西瓜作为一种重要的葫芦科作物，是人们夏季消暑解渴的重要水果，在世界园艺作物中占有非常重要的地位。中国是世界上西瓜生产和消费第一大国。果皮厚度是西瓜的重要农艺性状之一，直接影响西瓜的可食率和商品率，是西瓜重要的育种指标。目前关于西瓜果皮性状的研究主要集中在果皮颜色、覆纹、蜡粉、硬度等的基因定位和标记开发上，但是关于西瓜果皮厚度的研究尚未见报道。

近年来，多基因标记筛选方法发展迅速，全基因组关联分(Genome-WideAssociation Study,GWAS)已成为主流方法之一，其可在全基因组范围内筛选某个性状的相关变异，通过全基因组关联分析方法鉴定低遗传力性状的遗传标记已成为现代育种工作的常用手段。SNP分子标记(single nucleotide polymorphisms，单核苷酸多态性)是指在基因组水平上由于单个核苷酸的突变所引起的DNA序列的改变。广泛的存在于基因组上，具有高通量、简单、稳定、灵敏度高等特定，是目前分子标记辅助育种工作中极具发展前景的分子标记。

随着西瓜基因组时代的到来，明确西瓜重要农艺性状基因功能，并寻找控制这些性状的关键基因，并开发相应的分子标记，将分子标记应用于育种是目前西瓜育种工作的一项重要内容。因此，本发明提供一种用于鉴定西瓜皮厚度的SNP分子标记及其应用。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种用于鉴定西瓜皮厚度的SNP分子标记及其应用。目的是开发与西瓜果皮厚度相关的分子标记并将其应用于西瓜育种工作，加快西瓜育种进程。

本发明为了解决上述技术问题，第一个目的是提供一种用于鉴定西瓜皮厚度的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于西瓜基因组第2号染色体的第32344170位碱基，所述碱基为C或T。

本发明的有益效果是：本发明利用全基因组关联分析(GWAS)鉴定得到了与西瓜果皮相关的5个显著性SNP位点，之后结合转录组测序对显著性SNP位点上下游100kb附近的候选基因进行分析，确定了与西瓜果皮厚度相关的候选基因，基于候选基因，最终确定西瓜基因组第2号染色体的第32344170位SNP位点与西瓜果皮厚度紧密连锁。因此本发明与西瓜果皮厚度相关的SNP标记可促进西瓜果皮厚度的分子标记辅助选择，有效加速育种进程，提高育种效率，对西瓜育种具有重要的意义。

在上述技术方案的基础上，本发明还可以做如下改进。

进一步，若基因型为CC，则对应西瓜皮厚度小于等于0.6cm，若基因型为GG，则对应西瓜皮厚度大于0.6cm。

进一步，所述西瓜为西瓜97103。

第二个目的是提供一种鉴定西瓜皮厚度的SNP分子标记的应用，上述所述SNP分子标记在西瓜皮厚度鉴定中的应用；或上述所述SNP分子标记在西瓜育种中的应用。

上述应用中，所述SNP分子标记的多态性的物质为利用全基因组测序检测所述SNP分子标记的试剂、试剂盒或仪器，可为检测所述SNP标记的引物对、探针或芯片等等。

第三个目的是提供一种西瓜的育种方法，包括如下步骤：

将检测得到基因组中SNP分子标记为CC的样品西瓜，作为亲本进行西瓜育种。

本发明还保护包含上述SNP分子标记或上述SNP分子标记组合的基因芯片。