[发明专利]与小麦茎基腐病抗性QTL Qfcr.sicau.2A紧密连锁的分子标记及应用

权利要求书

1.与小麦茎基腐病抗性QTL Qfcr.sicau.2A紧密连锁的分子标记KASP97，其特征在于，所述分子标记KASP97含有小麦如SEQ ID NO:1所示序列第36bp处的多态性为A或G的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，分子标记KASP97第36bp处的碱基为A时，小麦含有QTL Qfcr.sicau.2A，对应小麦茎基腐病抗性强；分子标记KASP97第36bp处的碱基为G时，小麦不含QTL Qfcr.sicau.2A，对应小麦茎基腐病抗性弱；

其中，所述小麦茎基腐病抗性QTL Qfcr.sicau.2A位于小麦2A染色体上70.43-74.06Mb之间的3.62Mb区段内。

3.基于KASP技术开发的用于扩增权利要求1或2所述分子标记的特异性引物组，其特征在于，所述引物组包括序列如SEQ ID NO:2-4所示的引物。

4.根据权利要求3所述的引物组，其特征在于，SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示引物的5’端分别连有不同的荧光探针。

5.根据权利要求4所述的引物组，其特征在于，SEQ ID NO:2所示引物的5’端连有的荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示，SEQ ID NO:3所示引物的5’端连有的荧光探针的核苷酸序列如SEQ ID NO:6所示，且SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示荧光探针的5’端分别连有不同的荧光基团。

6.含有权利要求3-5任一项所述引物组的检测试剂或试剂盒。

7.权利要求1或2所述分子标记、权利要求3-5任一项所述引物组或权利要求5所述检测试剂或试剂盒的以下任一应用：

(1)用于鉴定小麦茎基腐病抗性QTL Qfcr.sicau.2A；

(2)用于筛选或鉴定高抗茎基腐病的小麦品种；

(3)用于小麦分子标记辅助育种；

(4)用于小麦种质资源改良。

8.一种鉴定小麦茎基腐病抗性QTL Qfcr.sicau.2A的方法，其特征在于，以待测小麦的基因组DNA为模板，利用权利要求3-5任一项所述引物组进行荧光定量PCR扩增，根据PCR扩增结果对待测小麦进行基因分型；

其中，所述小麦茎基腐病抗性QTL Qfcr.sicau.2A位于小麦2A染色体上70.43-74.06Mb之间的3.62Mb区段内。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述荧光定量PCR扩增的反应体系：2×KASP Mastermix 5μL，KASP Assay Mix 0.14μL，模板DNA 50ng，DNase/RNase-free去离子水加至总量为10μL；其中，所述KASP Assay Mix中含有SEQ ID NO:2-4所示的引物，三条引物的体积比为2:2:5，各引物浓度为100μM；

荧光定量PCR程序：95℃活化10min；95℃变性20s，65℃退火延伸60s，循环10次，每次退火延伸温度降低1℃；94℃变性20s，57℃退火延伸60s，循环36次；37℃60s，采集荧光信号。

10.根据权利要求8或9所述的方法，其特征在于，含有小麦茎基腐病抗性QTLQfcr.sicau.2A的小麦品种出现与SEQ ID NO:2所示引物连接的荧光探针相同的荧光信号，而不含有小麦茎基腐病抗性QTL Qfcr.sicau.2A的小麦品种出现与SEQ ID NO:3所示引物连接的荧光探针明显不同的荧光信号。