[发明专利]一种同时检测甲基化和突变信息的方法及装置

权利要求书

1.一种同时检测甲基化和突变信息的方法，其特征在于，包括：

甲基化检测步骤，包括根据待测样本测序数据中的模板链是否包含XM标签，将模板链分为XM模板链、F1R2模板链、F2R1模板链，F表示正向模板链，F1R2表示由正向模板链复制和测序得到的数据，R表示反向模板链，F2R1表示由反向模板链复制和测序得到的数据，XM模板链和F1R2模板链用于统计C到T正链甲基化，XM模板链和F2R1模板链用于统计G到A负链甲基化；如果XM模板链存在错配，则预测为突变，如果F2R1模板链存在C到T的错配，则预测为突变，如果F1R2模板链存在G到A的错配，则预测为突变；XM模板链和F1R2模板链的G到A突变，以及F2R1模板链的C到T突变用于校正甲基化中由于突变导致的误差；

突变统计步骤，包括使用F1R2模板链的甲基化频率或者F2R1模板链的甲基化频率校正突变的频率，获得校正后的突变频率；突变频率的校正公式如下：

；

公式中，P_snv是指校正后的突变频率，X表示XM模板链的数量，F表示F1R2模板链的数量，R表示F2R1模板链的数量，X_s表示发生C到T突变的XM模板链数量，R_s表示发生C到T突变的F2R1模板链数量。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，甲基化检测步骤中，包括根据物理位置和唯一分子标签聚簇，将F1R2模板链和F2R1模板链合并为大簇。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，甲基化检测步骤中，如果大簇同时包含F1R2模板链和F2R1模板链，则预测该大簇包含双链模板链，将F1R2模板链和F2R1模板链合并为一个模板链，将甲基化信息记录在XM标签上。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，甲基化检测步骤中，将包含XM标签的模板链分为XM模板链，将不包含XM标签的模板链分为F1R2模板链、F2R1模板链；

甲基化检测步骤中，如果存在如下情况中的至少一种，则在合并过程中修复甲基化：

A）正向模板链和反向模板链只发生甲基化修饰；

B）单链甲基化和真实突变同时发生；

C）氧化损伤；

甲基化检测步骤中，所述C到T正链甲基化是指5mC、5hmC中的至少一种到T正链甲基化；

甲基化检测步骤中，在合并过程中修复甲基化时，将C到T的转变记录为Z，G到A的转变记录为z。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述待测样本为游离DNA。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述待测样本包括组织样本、体液样本中的至少一种；

所述组织样本包括肿瘤组织样本；

所述体液样本包括血液、血清、血浆、尿液、唾液、脑脊液、胸腔积液中的至少一种；

所述测序数据为甲基化测序数据；或者所述测序数据为TET酶辅助硼烷测序数据；或者所述测序数据包括全基因组测序数据、全外显子组测序数据、靶向捕获测序数据中的至少一种；或者所述测序数据包括二代测序数据。