[发明专利]TRIM29基因甲基化的检测引物组合物、甲基化检测方法及应用

说明书

本发明公开了一种TRIM29基因甲基化的检测引物组合物、甲基化方法及应用。TRIM29基因甲基化的检测引物组合物包括上游引物TRIM29‑cg‑F、下游引物TRIM29‑cg‑R和测序引物TRIM29‑cg‑S，所述上游引物TRIM29‑cg‑F与所述下游引物TRIM29‑cg‑R能够扩增TRIM29基因，所述测序引物TRIM29‑cg‑S能够对TRIM29基因扩增后的PCR产物进行焦磷酸测序。本发明通过TRIM29基因甲基化的检测引物组合物及焦磷酸测序技术检测TRIM29基因甲基化水平，采用鼻咽拭子无创、快速，灵敏度及准确性高，对于鼻咽癌的早期检测有重要意义。

技术领域

本申请涉及分子生物检测技术领域，特别是涉及一种TRIM29基因甲基化的检测引物组合物、甲基化方法及应用。

背景技术

鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)是一种来源于鼻咽上皮细胞的恶性肿瘤。由于鼻咽癌好发于壮年并且其发病部位较为隐蔽、解剖结构复杂而不易被早期发现，大部分患者就诊时已处于中晚期，治疗效果不理想。如果鼻咽癌患者能够在早期阶段发现并进行治疗，其预后将会极大地改善。特异性肿瘤相关基因CpG岛甲基化异常导致其转录表达异常，鼻咽癌相关基因的甲基化状态改变被认为是一种有前景的肿瘤分子生物标志物，可作为肿瘤发生的一个早期敏感指标。

目前临床应用的鼻咽癌血清标志物主要有血清EB病毒抗体和EB病毒DNA拷贝数，此外依靠影像诊断和病理诊断，缺乏血清学特异的标志物。但是，EB病毒感染的人群中只有一小部分发生鼻咽癌，而且EB病毒的感染被认为是世界大部分地区都会存在。因此，寻找鼻咽癌高危易感人群的筛查、早期诊断等的敏感特异的分子靶标的相关研究依然非常重要。

TRIM29是TRIM(tripartite motif)家族的成员之一。TRIM29基因位于染色体11q23.3区域，编码蛋白又名ATDC(Ataxia-Telangiectasia Group D-AssociatedProtein)，TRIM29包含B-box1、B-box2结构域和coiled-coil结构域。近年来关于TRIM29的研究报道在肿瘤学领域较多，研究者发现其在多种类型的肿瘤中表达异常，如肺癌、胃癌、结肠癌、膀胱癌、胰腺癌等。TRIM29可以与p53结合而阻止其进入细胞核，下调p53对下游基因p21和NOXA的转录活性，抑制其抗凋亡能力；此外，TRIM29还可以与Tip60结合而抑制Tip60对p53Lys120的乙酰化，进而使肿瘤细胞的增殖能力增强。在胰腺癌的研究中，TRIM29通过与分子Dvl2相互作用，激活β-catenin通路，促进胰腺癌细胞的生长和转移，与肿瘤的进展密切相关。近期，有研究报道了在皮肤鳞状细胞癌、乳腺癌中TRIM29的表达被DNA甲基化沉默。但并无报道TRIM29基因低甲基化与鼻咽癌有无关系，因此，寻找新的TRIM29上的DNA标记物对鼻咽癌的诊断有重要的作用。

发明内容

基于此，有必要提供一种TRIM29基因甲基化的检测引物组合物。本发明通过TRIM29基因甲基化的检测引物组合物以及焦磷酸测序技术检测TRIM29基因甲基化的水平，采用鼻咽拭子无创、快速，灵敏度及准确性高，对于鼻咽癌的早期检测具有重要意义。

本申请一实施例提供了一种TRIM29基因甲基化的检测引物组合物。

一种TRIM29基因甲基化的检测引物组合物，其特征在于，包括上游引物TRIM29-cg-F、下游引物TRIM29-cg-R和测序引物TRIM29-cg-S，所述上游引物TRIM29-cg-F与所述下游引物TRIM29-cg-R能够扩增TRIM29基因，所述测序引物TRIM29-cg-S能够对TRIM29基因扩增后的PCR产物进行焦磷酸测序。

在其中一些实施例中，所述上游引物TRIM29-cg-F与所述下游引物TRIM29-cg-R能够扩增TRIM29基因的第一外显子区域。