[发明专利]甘蔗割手密种不同组织荧光定量内参基因的筛选和应用

说明书

本发明公开了甘蔗割手密种不同组织荧光定量内参基因的筛选和应用。本发明所述的内参基因来源于割手密种全基因组水平上的不同组织的转录组数据库，与以往的其他物种的内参基因相比，本发明所开发的内参基因WDR比通用内参基因（eEf‑1ɑ,GAPDH和Actin）具有组成型表达、表达量适中、稳定性好等优点。因此本发明为割手密种基因不同组织的表达分析、筛选、验证工作提供了有效的、准确的、均一性的内参基因。此外，新开发的内参基因不仅丰富了植物内参基因的种类和数量，而且也对甘蔗属及其近缘属（蔗茅属和芒属）植物基因表达量校正提供了重要的候选基因资源。

技术领域

本发明属于植物分子生物学技术及分子检测技术领域，具体涉及甘蔗割手密种不同组织荧光定量内参基因的筛选和应用。

背景技术

现代甘蔗栽培种是由热带种( Saccharum officinarumL., 2n=80, x=10)和割手密种( S. spontaneumL., 2n=40~128, x=8)经过种间杂交后，杂种与热带种又进行了多次回交，经过了少于8代的有性杂交，导致了高度杂合的多倍体甚至非整倍体甘蔗栽培种，由于染色体数目多、倍性变化较大，加之，本身存在着大量遗传变异，导致基因组高度杂合的遗传基础。而甘蔗割手密种起源于印度北部，是甘蔗属间染色体数最少的材料，其基本染色体数X=8，该类种质具有根系发达，宿根性好，抗逆性极强的特性，其基因组上含有大量的抗逆相关基因，是甘蔗抗性基因的重要来源之一。

基因的时空表达模式分析目前广泛应用于植物科学的各个领域内，它对于深入研究基因功能和调控机理及揭示基因参与的代谢过程具有重要价值。而目前应用的做广泛的测定基因表达技术就是实时荧光定量PCR技术和利用二代测序衍生出的转录组测序技术即RNA-seq技术，由于实时荧光定量PCR技术具有灵敏度高、准确性高、重复性好等优点，已经成为分子生物学研究中基因表达量测定最常用的技术之一。它为准确定量目标基因的表达量和表达趋势，提供了重要的研究基础，然而实时荧光定量PCR结果的准确性很大部分是依赖内参基因的选择，最理想的内参基因是在不同试验条件下（包括生物胁迫和非生物胁迫）下的各个组织或者细胞中均能恒定表达的基因。但是目前采用的内参基因都是基于其他物种筛选而来内参基因，随着甘蔗割手密种基因组的破译及大量转录组数据释放和及生物信息学方法的应用，选择保守性强、表达量稳定、精确性好的内参基因，对于评估和检测甘蔗割手密种靶标基因在不同组织中的表达量具有重要意义。

发明内容

本发明的目的在于提供甘蔗割手密种不同组织荧光定量内参基因的筛选和应用，以期为甘蔗割手密种基因生长发育相关基因的表达分析、筛选、验证工作提供有效的内参基因。

本发明的目的通过以下技术方案实现：

WDR基因作为甘蔗割手密种不同组织的荧光定量内参基因的应用，所述 WDR基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其在甘蔗割手密种基因组数据库(http://sugarcane.zhangjisenlab.cn/sgd/html/download.html)中的命名为Sspon.06G0012080。

进一步的，扩增上述 WDR基因的引物序列如下：

正向引物：5’-AGGAAGTAGATTGCTGGAAAGG-3’，

反向引物：5’-GTGTTCTCCCTACTCATGCTTAT-3’。

进一步的，上述不同组织包括甘蔗割手密种叶片和茎秆。

上述的引物作为甘蔗割手密种不同组织（叶片和茎秆）的荧光定量特异性引物的应用。