[发明专利]甘蔗割手密种非生物胁迫条件下的荧光定量内参基因的筛选和应用

说明书

本发明公开了甘蔗割手密种非生物胁迫条件下的荧光定量内参基因的筛选和应用。本发明所述内参基因序列来自割手密种全基因组水平上的多个不同转录组数据，与以往的其他物种的内参基因相比，本发明筛选出的内参基因具有组成型表达、表达量适中、稳定性好等优点，其中泛素蛋白基因UBC在非生物胁迫下比通用内参基因eEf‑1ɑ,GAPDH和Actin具有更好的稳定性，为割手密种基因在非生物胁迫下的表达分析、筛选、验证工作提供了有效的、准确的、均一性的内参基因。新开发的内参基因不仅丰富了植物内参基因的种类和数量，而且也对甘蔗属及其近缘属（蔗茅属和芒属）植物基因表达量校正提供了重要的候选基因资源。

技术领域

本发明属于植物分子生物学技术及分子检测技术领域，具体涉及甘蔗割手密种非生物胁迫条件下的荧光定量内参基因的筛选和应用。

背景技术

现代甘蔗栽培种是由热带种(Saccharum officinarumL., 2n=80, x=10)和割手密种(S. spontaneumL., 2n=40~128, x=8)经过种间杂交后，杂种与热带种又进行了多次回交，经过了少于8代的杂交，导致了高度杂合的多倍体甚至非整倍体甘蔗栽培种，由于染色体数目多、倍性变化较大，加之本身存在着大量遗传变异，导致基因组高度杂合的遗传基础。而甘蔗割手密种起源于印度北部，是甘蔗属间染色体数最少的材料，其基本染色体数X=8，该类种质具有根系发达，宿根性好，抗逆性极强的特性，其基因组上含有大量的抗逆相关基因，是甘蔗抗性基因的重要来源之一。

基因的时空表达模式分析目前广泛应用于植物科学的各个领域内，它对于深入研究基因功能和调控机理及揭示基因参与的代谢过程具有重要价值。而目前应用的做广泛的测定基因表达技术就是实时荧光定量PCR技术和利用二代测序衍生出的转录组测序技术即RNA-seq技术，由于实时荧光定量PCR技术具有灵敏度高、准确性高、重复性好等优点，已经成为分子生物学研究中基因表达量测定最常用的技术之一。它为准确定量目标基因的表达量和表达趋势，提供了重要的研究基础，然而实时荧光定量PCR结果的准确性很大部分是依赖内参基因的选择，最理想的内参基因是在不同试验条件下（包括生物胁迫和非生物胁迫）下的各个组织或者细胞中均能恒定表达的基因。但是目前采用的内参基因都是基于其他物种筛选而来内参基因，随着甘蔗割手密种基因组的破译及大量转录组数据的释放及生物信息学方法的应用，选择保守性强、表达量稳定、精确性好的内参基因，对于评估甘蔗割手密种目标基因在非生物胁迫下的表达量具有重要意义。

发明内容

本发明的目的在于提供甘蔗割手密种非生物胁迫条件下的荧光定量内参基因的筛选和应用。

本发明的目的通过以下技术方案实现：

UBC基因作为甘蔗割手密种非生物胁迫条件下的荧光定量内参基因的应用，所述UBC基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

进一步的，扩增上述UBC基因的引物序列如下：

正向引物：5’-GATTCTACTGCGGATGGATTGA-3’，

反向引物：5’-CAACTTTGGGATGCTTGATACAC-3’。

进一步的，上述非生物胁迫选自高温、低温、干旱胁迫中的任意一种或几种。

上述引物作为甘蔗割手密种非生物胁迫条件下的荧光定量特异性引物的应用，所述非生物胁迫包括高温、低温、干旱胁迫中的任意一种或几种。

甘蔗割手密种非生物胁迫条件下的荧光定量内参基因的筛选方法，包括以下步骤：