[发明专利]一组茄子InDel分子标记、引物及应用

说明书

本发明属于分子标记开发及分子检测，涉及一组茄子InDel分子标记、引物及应用。本发明开发的茄子InDel分子标记分布在茄子基因组多条染色体上，具有唯一扩增的特点，分型效果好，代表性强，可以实现高通量检测，检测周期短；在进行品种确权或纯度检测时，操作简单快速，检测结果稳定可靠，可根据检测样本和位点数目等实现标记的灵活选择。因此，本发明开发的InDel标记针对不同数目样本量检测可以实现标准化及规模化。

技术领域

本发明属于分子标记开发及分子检测技术领域，具体涉及一组茄子InDel分子标记、引物及应用。

背景技术

茄子(SolanummelongenaL.)是全球广泛种植的重要蔬菜作物。我国是全球茄子主产区之一，栽培历史悠久，在长期的驯化和遗传改良过程中，因地域生态环境和消费习惯不同，形成了类型极为丰富且遗传相对稳定的地方品种。目前，生产上推广的茄子品种受传统的种植和消费习惯影响，类型极为丰富，主要包括圆茄、卵圆茄、长茄等。此外，我国拥有丰富的茄子野生资源，尤其是云南、广西等西南地区蕴含大量的茄子野生种质资源。

利用传统的形态学方法进行茄子种子资源评价、类群划分、一致性鉴定和纯度鉴定等不仅耗时耗力，需占用大量土地资源，而且在对性状描述上，由于不同观测者的标准不同常会造成一定差异，从而影响结果的准确性。近年来，随着分子标记技术的快速发展，以及其具有的检测快速、操作简单、结果稳定可靠等优点，不同类型的分子标记已逐渐用于茄子等蔬菜品种鉴定。

InDel(insertion-deletion)插入缺失标记，指两亲本在全基因组中的差异，相对一个亲本另一个亲本的基因组中有一定数量的核苷酸插入或缺失(Janderetal.，PlantPhysiology，2002，129，440-450)。根据基因组中插入缺失位点，设计扩增这些插入缺失位点的PCR引物，即为InDel标记。InDel标记作为高通量分子标记，具有变异丰富、适用于基因组分子标记开发(Gao etal.，Journal ofIntegrative Plant Biology，2012，54，215-227)、准确性高、变异稳定、在种内和种间通用性较强(et al.，BMC Genetics，2008，9，715-720)等优点。此外，与SSR标记相比，InDel标记的扩增产物带型清晰简单，其稳定性和产物分离效果均明显优于SSR标记(冯芳君等，分子植物育种，2005，3，725-730)；SSR标记扩增产物一般为100～450bp，其扩增结果直接受DNA质量的影响，对高度降解的DNA样本分型较困难(Da et al.，Genetics，2013，7，e101-e103)，而一些扩增产物较短的InDel标记对DNA质量要求较低，且能对混合DNA样本和高度降解的微量DNA样本进行有效分型(Manta etal.，Forensic Science International Genetics，2012，6，658-661)。

目前，茄子中基于InDel标记技术的覆盖茄子全基因组的核心InDel标记报道甚少。因此，开发出茄子核心InDel标记，实现茄子资源材料的快速检测和鉴定，是从事茄子遗传育种、生物技术及DUS测试领域技术人员亟待解决的技术问题。

发明内容

本发明的目的在于提供一组茄子InDel分子标记、引物及应用。本发明提供了覆盖茄子全基因组的核心InDel标记。本发明所述茄子InDel分子标记能够用于茄子DNA指纹图谱构建、遗传多样性分析、资源鉴定、类群划分和背景筛选的适宜规模化和标准化检测试剂盒的制备。

本发明提供了一组茄子InDel分子标记，所述茄子InDel分子标记包括17个核心InDel标记。

优选的是，所述茄子InDel分子标记参照基因组HQ-1315确定。