[发明专利]单细胞转录组R数据中gene symbol的校正方法及系统

权利要求书

1.一种单细胞转录组R数据中gene symbol的校正方法，其特征在于，包括以下步骤：

获取参考基因组原始基因表，根据预设gene symbol替换条件，将所述参考基因组原始基因表中的gene symbol进行转换，生成目标对照表；

获取Seurat分析包中的单细胞转录组R对象数据，根据所述R对象数据的数据存储类型调用对应的函数；

在每一种函数中，根据目标对照表中的gene symbol校正R对象数据中的gene symbol。

2.如权利要求1所述的单细胞转录组R数据中gene symbol的校正方法，其特征在于，所述“获取单细胞转录组R对象数据，根据所述R对象数据的数据存储类型调用对应的函数；在每一种函数中，根据目标对照表中的gene symbol校正R对象数据中的gene symbol”步骤，具体包括以下步骤：

当R对象数据的数据存储类型为S4对象数据时，则调用Rename Genes Seurat函数、根据目标对照表中的gene symbol校正S4对象数据中的gene symbol；

当R对象数据的数据存储类型为矩阵格式数据时，则调用Rename Genes Matrix函数、根据目标对照表中的gene symbol校正矩阵格式数据中的gene symbol；

当R对象数据的数据存储类型为Cell Data Set对象数据时，则调用Rename GenesCell Data Set函数、根据目标对照表中的gene symbol校正Cell Data Set对象数据中的gene symbol；

当R对象数据的数据存储类型为newick格式树文件数据时，则调用Rename Tree函数、根据目标对照表中的gene symbol校正newick格式树文件数据中的gene symbol。

3.如权利要求2所述的单细胞转录组R数据中gene symbol的校正方法，其特征在于，所述“当R对象数据的数据存储类型为S4对象数据时，则调用Rename Genes Seurat函数、根据目标对照表中的gene symbol校正S4对象数据中的gene symbol”步骤，具体包括以下步骤：

在S4对象数据中选取assay数据；

当所述assay数据中包括有基础分析数据时，则根据目标对照表中的gene symbol校正基础分析数据中的gene symbol。

4.如权利要求2所述的单细胞转录组R数据中gene symbol的校正方法，其特征在于，所述“当R对象数据的数据存储类型为矩阵格式数据时，则调用Rename Genes Matrix函数、根据目标对照表中的gene symbol校正矩阵格式数据中的gene symbol”步骤，具体包括以下步骤：

根据ncol参数在矩阵格式数据中选取包含有gene symbol的gene symbol列；

根据目标对照表中的gene symbol校正所述gene symbol列；

根据if_rownames参数判断所述矩阵格式数据的矩阵行名是否为gene symbol；若是，则根据目标对照表中的gene symbol校正矩阵行名。

5.如权利要求2所述的单细胞转录组R数据中gene symbol的校正方法，其特征在于，所述“当R对象数据的数据存储类型为Cell Data Set对象数据时，则调用Rename Genes CellData Set函数、根据目标对照表中的gene symbol校正Cell Data Set对象数据中的genesymbol”步骤，具体包括以下步骤：

判断Cell Data Set对象数据中是否有基因属性数据；若是，则根据目标对照表中的gene symbol校正基因属性数据中的gene symbol。