[发明专利]一种CNV标记在绵羊肥瘦尾早期筛选中的应用

说明书

本发明提供了一种CNV标记在绵羊肥瘦尾早期筛选中的应用，属于基因工程技术领域。本发明所述的CNV标记为位于绵羊BMP2基因上游chr13：49265801‑49282000。本发明以绵羊BMP2基因上游chr13：49265801‑49282000为CNV标记，通过检测该标记在绵羊群体中的拷贝数变异情况，可以检测绵羊的不同尾型性状，用于不同尾型绵羊的早期选择，提高选种准确性，缩短培育周期，加快培育进程，为绵羊的分子标记辅助选择提供科学依据。

技术领域

本发明涉及基因工程技术领域，尤其涉及一种CNV标记在绵羊肥瘦尾早期筛选中的应用。

背景技术

肥尾羊以脂肪沉积的形式在尾部和腹部储存能量，占其胴体体重的20％。最早关于肥尾羊的资料记载是距今约5000年，认为肥尾羊是由瘦尾羊驯化演变而来。肥尾的形成是对干旱和气候变化的一种适应性反应机制。然而，脂肪过度的沉积在尾部影响绵羊的繁殖和运动能力、脂肪在动物体内的分布、饲养成本增加、消费者偏好降低等问题。目前，在集约化和半集约化生产系统中，大肥尾的优势已经大大减少。对于生产者和消费者来说，减少尾部脂肪沉积更能满足社会需求，因为脂肪沉积比瘦肉组织沉积需要更多的能量，而动物脂肪已经失去了大部分市场需求。然而，肥尾羊约占世界羊总数的25％。在中国，人们越来越关注健康，也不再想饲养肥尾羊。一些地区养肥尾羊的农民现在正在培育瘦尾羊。不同的绵羊品种在最初驯化后经过适应性进化，产生了不同的尾巴表型。而绵羊尾型的表型多样性为其遗传基础的比较分析提供了理想的材料。进化生物学家、动物遗传学家、育种工作者和生产者一直想要清楚地了解绵羊尾巴表型差异背后的潜在遗传学机制。了解这些差异背后的因果基因和突变将有助于探索进化之谜，改善动物生产性能，促进动物福利，并提供有助于理解与脂肪沉积(即肥胖)有关的人类疾病。同时，对绵羊的尾型进行早期筛选，有利于减少饲养成本，提高养殖效益。

基因组学的研究为了解绵羊尾部脂肪形成的机制提供了前所未有的机会，以确定表型差异之间潜在的因果变异。在过去的十年中，研究人员也对绵羊尾部脂肪沉积的机制进行了基因组学和转录组学的研究。多种基因被认为具有几个潜在的重要候选基因，包括与肥尾表型相关的BMP2和PDGFD基因，以及与尾椎数量和尾巴长度相关的TBXT基因。其中，PDGFD研究的较为深入，在第一外显子上发现一个SNP突变位点和一个ASE(Allele-specificexpression，等位基因的特异性表达)，第三外显子上发现1个ASE，第一内含子上发现了一段长6.8kb区域受到正向选择，在3’UTR发现5个ASE。但本领域对于BMP2基因的研究较少，因此，本发明旨在研究BMP2基因与绵羊尾型的相关性，并提供一种便于筛选绵羊尾型的方法。

发明内容

本发明的目的在于提供一种CNV标记在绵羊肥瘦尾早期筛选中的应用。本发明以绵羊BMP2基因上游chr13：49265801-49282000为CNV标记，通过检测该标记在绵羊群体中的拷贝数变异情况，可以检测绵羊的不同尾型性状，用于不同尾型绵羊的早期选择，提高选种准确性，缩短培育周期，加快培育进程，为绵羊的分子标记辅助选择提供科学依据。

为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：

本发明提供了一种CNV标记在绵羊肥瘦尾早期筛选中的应用，所述CNV标记为位于绵羊BMP2基因上游chr13：49265801-49282000。

优选的，以绵羊基因组DNA为模板，通过qPCR扩增CNV标记以及内参基因，根据2×2^-ΔΔCt法进行拷贝数结果分析，2×2^-ΔΔCt＝2为正常型，2×2^-ΔΔCt2为重复型，2×2^-ΔΔCt2为缺失型。

优选的，所述qPCR扩增的引物对包括目标CNV标记引物对和内参基因引物对，所述目标CNV标记引物对的上游引物如SEQ ID NO.1所示，下游引物如SEQ ID NO.2所示；所述内参基因引物对的上游引物如SEQ ID NO.3所示，下游引物如SEQ ID NO.4所示。