[发明专利]一种同时检测EGFR基因T790M和C797S顺反式突变的方法

说明书

本发明公开了一种同时检测EGFR基因T790M和C797S顺反式突变的方法。所述方法包括：对待测样本的测序数据进行筛选，得到同时覆盖T790M和C797S突变位点的reads，并进行变异分析；将变异分析结果中VARBIAS信息拆分为2列，利用逻辑运算进行比较判断。本发明设计分析方法，筛选同时覆盖T790M和C797S突变位点的reads并进行变异分析，根据变异分析结果中的VARBIAS信息进行T790M和C797S顺反式突变类型识别，直接基于测序数据即可快速、准确地进行检测。

技术领域

本发明属于基因检测技术领域，涉及一种同时检测EGFR基因T790M和C797S顺反式突变的方法。

背景技术

表皮生长因子受体(epidermalgrowthfactorreceptor，EGFR)突变主要发生在胞内酪氨酸激酶(TK)区域的前四个外显子上(18～21)，目前发现的TK区域突变有30多种。其中外显子20上的T790M和C797S突变是在肿瘤患者中发现的最棘手的基因突变类型。EGFR基因T790M具体是EGFR第20号外显子第790氨基酸位点由苏氨酸(T)突变为甲硫氨酸(M)，基因水平表现为c.2369CT；EGFR基因C797S具体是指EGFR第20号外显子第797氨基酸位点由半胱氨酸(C)突变为丝氨酸(S)，基因水平表现为c.2389TA或c.2390GC。当T790M和C797S同时突变时，T790M和C797S位于同一条染色体上，这种构型称为顺式突变；T790M和C797S位于不同染色体上，这种构型称为反式突变。

目前研究结果表明，T790M、C797S突变及不同构型与肿瘤患者的耐药性、疗效预测、预后极其相关，例如：当EGFR基因C797S和T790M为反式突变时，临床上运用一代和三代EGFR-TKI联合治疗有效(如特罗凯联合奥希替尼)。而当C797S和T790M为顺式突变时，肿瘤对所有一二三代EGFR-TKI均耐药，因此，准确检测患者的EGFR基因T790M和C797S顺反式突变对于治疗及预后具有重要意义。

现有技术主要通过体外扩增技术二代测序或二者结合等方法检测EGFR基因T790M和C797S顺反式突变，常规的PCR技术操作简便，检测时间较短，但，敏感性较低，检出率明显低于相应的肿瘤组织样本，同时检测通量也不如测序方法，二代基因测序技术(NGS)能够辨别C797S和T790M的突变构型，通量大、精确度高，但是用时较长，实验设计复杂，数据分析量大，成本高，如CN111662986A公开一种检测EGFR-T790M和EGFR-C797S顺反式突变构型的方法和探针，分别使用选择性抑制T790野生型的探针和选择性抑制C797野生型的探针体系对样本进行PCR扩增，然后对各扩增产物进行测序，根据测序结果判定样本中T790和C797的突变构型，其需要设计多种引物探针以及结合测序技术获得特定位点序列信息，操作繁琐、成本高。

综上所述，目前仍然缺少一种检测灵敏度高、检测周期短、费用低，并且可以直接获得判断T790M和C797S突变顺反式突变构型的方法和产品。

发明内容

针对现有技术的不足和实际需求，本发明提供一种同时检测EGFR基因T790M和C797S顺反式突变的方法，可基于样本测序数据直接分析判定EGFR基因T790M和C797S顺反式突变，快速便捷且结果准确。

为达上述目的，本发明采用以下技术方案：

第一方面，本发明提供一种以非疾病诊断和/或治疗为目的的同时检测EGFR基因T790M和C797S顺反式突变的方法，所述方法包括：

对待测样本的测序数据进行筛选，得到同时覆盖T790M和C797S突变位点的reads，并进行变异分析，将变异分析结果中VARBIAS信息拆分为2列，记为VARBIAS_left和VARBIAS_right，若T790M和C797S突变位点均有VARBIAS_leftVARBIAS_right或者均有VARBIAS_leftVARBIAS_right，则判定为顺式突变；反之则判定为反式突变。