[发明专利]融合组织病理图像和CT影像的PDL1表达水平检测方法在审
申请号: | 202211614599.9 | 申请日: | 2022-12-15 |
公开(公告)号: | CN115984193A | 公开(公告)日: | 2023-04-18 |
发明(设计)人: | 张澎涛;郭金润;谢怡宁;单建平;阙楠双 | 申请(专利权)人: | 东北林业大学 |
主分类号: | G06T7/00 | 分类号: | G06T7/00;G06T7/11;G06T7/136;G06V10/26;G06V10/762;G06V10/764;G06V10/766;G06V10/80;G06V10/82;G06V10/25 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 150040 黑龙*** | 国省代码: | 黑龙江;23 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 融合 组织 病理 图像 ct 影像 pdl1 表达 水平 检测 方法 | ||
1.融合组织病理图像和CT影像的PDL1表达水平检测方法,其特征在于,包含模型训练和细胞重构:
所述模型训练包含步骤:
S1、执行k近邻(KNN)算法来估算缺失的临床特征;
S2、将所有ROI块调整为像素输入,提取ROI的放射特征;
S3、将CT图像作为输入并使用DenseNet提取深度特征;
S4、将多种特征进行特征融合;
S5、将融合后的特征输入到逻辑回归分类器进行预测。
2.如权利要求1所述的融合组织病理图像和CT影像的PDL1表达水平检测方法,其特征在于,步骤S1中所述的KNN算法如下所示:
PD-L1表达数据集筛选了2016年1月至2018年12月在四川大学华西医院根据组织学标本进行PD-L1染色的2094例IV期NSCLC患者的连续队列;824名患者因低质量CT图像被排除在外;331名患者因临床或病理信息不足而被排除在外;最后,939名患者被纳入分析;
临床特征包括年龄,性别,吸烟史,癌症家族史;
KNN算法是一种常用的监督学习方法,通过距离测量来识别数据集中空间相似或相近的k个样本,然后使用这些样本来估计缺失数据点的值,每个样本的缺失值使用数据集中找到的k邻域的平均值进行插补;
KNN算法的距离度量公式如下:
3.如权利要求1所述的融合组织病理图像和CT影像的PDL1表达水平检测方法,其特征在于,步骤S2中所述的放射特征提取计算方法如下:
所有3D分割首先通过阈值或聚类自动描绘,然后由放射科医生手动校正,自动计算从肿瘤ROI提取的放射特征,特征提取过程在Python 3.7.0(包:simpleITK、pydicom和pywavelet)中进行,定义了四种类型的特征来描述CT图像上ROI的图像特征:(1)形状和大小;(2)强度,即CT图像中的灰度值;(3)二阶特征;(4)小波特征。
4.如权利要求1所述的融合组织病理图像和CT影像的PDL1表达水平检测方法,其特征在于,步骤S3中所述的DenseNet算法的计算方法如下:
DenseNet算法可以较为方便的处理大尺寸图像,并且可以在抗过拟合方面有着良好的效果;首先将CT图像输入到网络中,训练数据集为X={x1,x2,…,xt},对输入数据采取卷积操作,具体算式如下所示:
其中,b为偏差量,Zl和Zl+1表示第lb1层的卷积输入和输出,也被称为特征图,Z(i,j)对应特征图的像素,K为特征图的通道数,f、s0和p是卷积层参数,对应卷积核大小、卷积步长和填充层数;
之后将卷积过的图像进行2×2平均池化,具体算式如下:
式中步长s0、像素(i,j)的含义与卷积层相同,p是预指定参数;
然后将池化后的图像输入到dense block中,每个层函数Hl都产生k个特征图,那么第l层就有k0b(l-1)k个特征图作为输入;
所有网络都使用随机梯度下降(SGD)进行训练,批量大小64训练40个时期;初始学习率设置为0.1,并在训练时段总数的75%时除以10。
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