[发明专利]一种苏农黑猪鉴定方法

权利要求书

1.一种苏农黑猪鉴定方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：

S1：采集苏农黑猪的特异性遗传标签组合；

S2：特异性遗传标签组合构成鉴定数据集；

S3：利用鉴定数据集构建机器学习模型；

S4：提取待测肉制品的基因组DNA并进行测序；

S5：获得待测肉制品的特异性遗传标签组合中位点的基因型；

S6：将位点的基因型输入机器学习模型进行鉴别；

S7：输出鉴别结果。

2.根据权利要求1所述的一种苏农黑猪鉴定方法，其特征在于，所述步骤S1通过线性混合模型对全基因组数据进行全基因组数据关联分析获得品种基因组数据，选取显著值前35的特异性遗传标签组合。

3.根据权利要求1所述的一种苏农黑猪鉴定方法，其特征在于，所述步骤S1中全基因组数据包括76个地方猪品种，1305个个体。

4.根据权利要求1所述的一种苏农黑猪鉴定方法，其特征在于，所述步骤S1中线性混合模型表达式为：y＝μ+xb+∑_kW_ikU_k+e，其中，y代表个体品种，编码为1或0，当y值为1时代表个体品种为苏农黑猪，当y值为0时代表个体品种为其他，μ是一个固定的均值项，x是位点的基因型变量，b表示两个群体之间的等位基因频率差的函数，∑_kW_ikU_k是模型中其他染色体上的所有SNP位点用来控制群体分化的项，k表示全基因组数据的所有位点，W_ik表示SNP位点的标准化基因型变量，U_k表示对应不同位点的效果大小，e表示残差。

5.根据权利要求2所述的一种苏农黑猪鉴定方法，其特征在于，所述显著值前35的特异性遗传标签组合包括：苏农黑猪2号染色体第1495134位位点，苏农黑猪2号染色体第1720381位位点，苏农黑猪2号染色体第1720773位位点，苏农黑猪2号染色体第1723214位位点，苏农黑猪2号染色体第1730835位位点，苏农黑猪2号染色体第2133478位位点，苏农黑猪2号染色体第2138194位位点，苏农黑猪2号染色体第2142208位位点，苏农黑猪5号染色体第60267613位位点，苏农黑猪5号染色体第66626221位位点，苏农黑猪8号染色体第13775701位位点，苏农黑猪8号染色体第15471163位位点，苏农黑猪8号染色体第15529343位位点，苏农黑猪8号染色体第15532680位位点，苏农黑猪8号染色体第15553072位位点，苏农黑猪8号染色体第15840949位位点，苏农黑猪8号染色体第16959973位位点，苏农黑猪8号染色体第16970699位位点，苏农黑猪8号染色体第17418026位位点，苏农黑猪8号染色体第33446092位位点，苏农黑猪8号染色体第40760959位位点，苏农黑猪10号染色体第46774551位位点，苏农黑猪10号染色体第47158972位位点，苏农黑猪13号染色体第182098562位位点，苏农黑猪13号染色体第182422385位位点，苏农黑猪13号染色体第182425226位位点，苏农黑猪13号染色体第182454313位位点，苏农黑猪13号染色体第182482029位位点，苏农黑猪13号染色体第182485046位位点，苏农黑猪13号染色体第183020878位位点，苏农黑猪13号染色体第183127485位位点，苏农黑猪13号染色体第183127526位位点，苏农黑猪13号染色体第191394426位位点，苏农黑猪14号染色体第131175982位位点，苏农黑猪14号染色体第131182029位位点。

6.根据权利要求2所述的一种苏农黑猪鉴定方法，其特征在于，所述显著值通过软件gemma-0.98.5-linux-static-AMD64采取瓦尔德检验法获得。

7.根据权利要求6所述的一种苏农黑猪鉴定方法，其特征在于，所述瓦尔德检验法先假设检验结果为0，此时SNP位点不影响表型，再假设检验结果为1，此时SNP位点与表型显著关联。