[发明专利]基于多基因突变的VTE风险评估模型、构建方法及应用

权利要求书

1.基于多基因突变的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，以与VTE是否患病显著相关的特征基因AQP9,SERPINC1,ERICH6,ENDOG,ASPN,TPBGL,REXO1作为特征参数，以收集的家系研究队列的所述与VTE是否患病显著相关的特征基因中罕见突变位点的数量为训练数据，进行逻辑回归建模，得到基于多基因突变特征的VTE风险评估模型；所述家系研究队列包括VTE患病者样本和未患病健康者样本。

2.根据权利要求1所述的基于多基因突变的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，所述与VTE是否患病显著相关的特征基因的获取步骤如下：以筛选的VTE遗传相关基因和所述家系研究队列的样本为单元，按突变类型对所述家系研究队列的样本中外显子区和可变剪切区的罕见突变位点的数量进行统计，得到所述家系研究队列的样本中每个所述VTE遗传相关基因在每种突变类型上的罕见突变位点的数量；针对每个所述VTE遗传相关基因在各所述家系研究队列的样本的罕见突变位点的数量与VTE是否患病进行显著性Fisher精确检验、逻辑回归关联分析、关联风险OR值比值计算、逻辑回归判别AUC的计算，按OR值、AUC、p-value依次对全基因进行排序，然后按照OR1，p-value0.05，AUC0.5标准进行过滤，得到与VTE是否患病显著相关的特征基因。

3.根据权利要求2所述的基于多基因突变的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，所述突变类型包括可变剪切突变、移码插入/删除突变、无义突变、错义突变、非移码插入/删除突变。

4.根据权利要求1所述的基于多基因突变的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，所述构建方法在所述训练数据中叠加环境影响因素进行建模，所述环境影响因素包括年龄因素。

5.根据权利要求2至3任一所述的基于多基因突变的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，所述VTE遗传相关基因的筛选包括如下步骤：

S1、收集研究样本及对所述研究样本进行基因检测实验，所述研究样本包括家系研究队列和人群验证队列，各队列包括VTE患病样本和未患病健康者样本；基因检测实验包括全基因组测序和全外显子组测序；

S2、针对家系研究队列和人群验证队列进行突变位点分析、注释和过滤，选取外显子区和可变剪切区域的突变位点的人群频率小于0.05的罕见突变位点；

S3、VTE遗传风险基因突变筛查，包括筛选已知的遗传危险因素和筛查所述研究样本静脉血栓栓塞的变异；

得到所述VTE遗传相关基因。

6.根据权利要求5所述的基于多基因突变的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，所述步骤S1中，所述家系研究队列选自中国汉族静脉血栓栓塞家系，包括静脉血栓栓塞患病者和未患病健康者；所述人群验证队列选择中国汉族，包括无诱因的散发静脉血栓栓塞患病者和健康者。

7.根据权利要求5所述的基于多基因突变的VTE风险评估模型的构建方法，其特征在于，所述步骤S3中，所述筛选已知的遗传危险因素为筛选已知的VTE相关的基因，包括确证与VTE相关的基因和可能与VTE相关的基因；

所述筛查研究样本静脉血栓栓塞的变异为筛查35个家系静脉血栓栓塞的所有共分离变异，其基于不同的基因集制定3种不同的过滤策略，分别为过滤策略1、过滤策略2和过滤策略3；所述过滤策略1为确证与VTE相关的基因的突变筛选过滤策略；所述过滤策略2为可能与VTE相关的基因的突变筛选过滤策略；所述过滤策略3为其他基因的突变筛选过滤策略。