[发明专利]一种与芝麻金黄色籽粒主效QTL位点紧密连锁的分子标记及其应用

权利要求书

1.一种与芝麻金黄色籽粒主效QTL位点紧密连锁的分子标记，其特征在于，在芝麻第6连锁群LG06的93.2－96.9 cM区间内，定位了一个控制芝麻金黄色籽粒的主效QTL位点qSC_LG06 ，在不同环境中可解释表型变异率的29.46%～35.79%；与芝麻金黄色籽粒主效QTL位点qSC_LG06紧密连锁的分子标记SNP6804。

2.根据权利要求1所述的一种与芝麻金黄色籽粒主效QTL位点紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述的分子标记SNP6804，其引物序列为：

SNP6804F1: 5'-GACAAAGTTGCGATACGCCA-3'，

SNP6804F2: 5'-TCGACGACAAAGTTGCGATACGACG-3',

SNP6804R: 5'-TGCAGGACTCAGTCTTCATGGGTG-3'。

3.根据权利要求2所述的一种与芝麻金黄色籽粒主效QTL位点紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记SNP6804在芝麻金黄色籽粒标记辅助选择中应用。

4.一种与芝麻金黄色籽粒主效QTL位点紧密连锁的分子标记的应用方法，其特征在于，根据权利要求3所述的一种与芝麻金黄色籽粒主效QTL位点紧密连锁的分子标记SNP6804在芝麻金黄色籽粒标记辅助选择中应用，应用方法具体为：用所述的分子标记SNP6804引物序列PCR扩增芝麻育种后代材料叶片或其他组织的总DNA样本，若扩增产物仅为一条105 bp的条带，则样本为白色籽粒纯合材料；若扩增产物仅为一条110 bp的条带，则样本为金黄色籽粒纯合材料；若扩增产物为105 bp和110 bp两条条带，则为金黄色籽粒的杂合材料。

5.根据权利要求4所述一种与芝麻金黄色籽粒主效QTL位点紧密连锁的分子标记的应用方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应体系为10μL，包含25-50ng的模板DNA，0.1μL的5U/μL Taq酶，1μL的10×PCR buffer，0.2μL的10mM/μL dNTPs，0.2μL的10μM/μL正向引物，0.2μL的10μM/μL反向引物，余量用ddH2O补足至10μL；PCR扩增程序为：预变性94℃ 1min；变性94℃ 30s，退火57℃ 30s，延伸72℃ 30s，35个循环，再延伸72℃ 10min。

6.根据权利要求5所述一种与芝麻金黄色籽粒主效QTL位点紧密连锁的分子标记的应用方法，其特征在于，扩增产物采用9%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，电泳缓冲液为0.5×TBE，150V恒功率电泳分离。

7.一种芝麻金黄色籽粒主效QTL位点的获得方法，其特征在于，包括以下步骤：

（1）利用白色籽粒品种和金黄色籽粒品种杂交获得F₁种子，经自交得到F₂，利用单籽传法，经8年8代自交，获得重组自交系群体RIL；

（2）分别在三个不同地理位置种植RIL群体，成熟收获后调查芝麻粒色，获得表现型数据；

（3）提取白色籽粒品种、金黄色籽粒品种及RIL群体叶片基因组总DNA；

（4）对亲本和RIL群体进行重测序，利用BWA软件、GATK软件开发SNP标记，筛选亲本间有差异的纯合变异位点，然后根据遗传学原理，将多态性的分子标记根据亲本进行编码，并进行质量过滤，筛选高质量的分子标记，获得RIL群体的基因型数据；

（5）结合RIL群体基因型数据，利用Mstmap软件进行遗传连锁图构建；

（6）结合RIL群体基因型、遗传连锁图和芝麻粒色表型数据，利用R/qtl软件进行QTL分析，在LG06连锁群上定位获得一个控制芝麻金黄色籽粒的主效QTL位点，并且在三个不同的地理环境中重复检测到，分别解释表型变异的35.68%、35.79%、29.46%，命名为qSC_LG06。