[发明专利]一种基于人类全转录本的微肽候选库及其应用

权利要求书

1.一种基于人类全转录本的微肽候选库，其特征在于，所述候选库按如下步骤构建：

(1)下载人类/小鼠参考全基因组数据和基因注释文件，简称GTF文件；

(2)筛选步骤(1)中以ATG、CTG、GTG或TTG中的一种为起始密码子，以TAG、TAA或TGA中的一种为终止密码子，满足三联密码子排布的开放阅读框序列作为待选微肽基因；

(3)利用步骤(2)待选微肽基因所在基因组信息计算其在转录本上的相对位置，并将其RNA序列提取出来，计算微肽对应的RNA长度信息，筛选长度介于30-750之间的RNA序列；

(4)将步骤(3)RNA序列信息转换成氨基酸序列信息，计算微肽对应的氨基酸长度信息，筛选长度为10到250个氨基酸之间的微肽，获得基于人类/小鼠全转录本的微肽候选库；将筛选的每个微肽的开放阅读框位置、RNA序列、RNA长度、氨基酸序列、氨基酸长度、转录本位置、转录本类型、基因位置、基因名、所属染色体、基因长度、起始密码子，微肽名以所属转录本+开放阅读框位置定义初步命名；按照fasta格式保存。

2.如权利要求1所述基于人类全转录本的微肽候选库，其特征在于，步骤(1)人类参考全基因组数据源自http://ftp.ensembl.org/pub/release-103/fasta/homo_sapiens/dna/，GTF文件源自http://ftp.ensembl.org/pub/release-103/gtf/homo_sapiens/。

3.如权利要求1所述基于人类全转录本的微肽候选库，其特征在于，步骤(2)利用Ribotricer v.1.3.2软件筛选。

4.如权利要求1所述基于人类全转录本的微肽候选库，其特征在于，步骤(3)下载人类所有RNA的序列信息，根据微肽在转录本上的相对位置，将其RNA序列提取出来。

5.如权利要求1所述基于人类全转录本的微肽候选库，其特征在于，步骤(4)基于人类全转录本的微肽候选库中，某一微肽相关信息如下：

微肽：ENST00000242109_26533546_26533680_135；RNA序列：CTGGTATTAAGCAGTATGTTTAGTGAAATGACTTTAAACTTAAGTAGGAAATACAGCT CCATTTCACACGTGGATTTTGTCTGCATTTACATCTCTGCAGGCCTCACATGCCGTGA CACCAGACATTTTTTTAAT；RNA序列长度：135；氨基酸序列：LVLSSMFSEMTLNLSRKYSSISHVDFVCIYISAGLTCRDTRHFFN；氨基酸序列长度：45；转录本：ENST00000242109；转录本类型：lncRNA；基因：ENSG00000122548；基因名：KIAA0087；所属染色体：7，负链；起始密码子：CTG；基因组坐标：26533546-26533680；转录本坐标：3858-3724。

6.一种权利要求1所述基于人类全转录本的微肽候选库在高通量筛选微肽中的应用。

7.如权利要求6所述的应用，其特征在于，所述应用的方法为：

(1)取待测样品进行研磨后，转移至含6M尿素的PBS溶液中，利用超声仪进行物理裂解；

(2)将步骤(1)裂解混合液分别利用截留分子量为30KD和10KD的超滤管进行过滤，收集截留分子量为10KD的滤液，冻干，粉末即分子量＜10KD的微肽；

(3)将步骤(2)微肽进行质谱检测，根据质谱所得氨基酸序列信息与所述基于人类全转录本的微肽候选库比对，筛选得到微肽。