[发明专利]渤海三疣梭子蟹原种的SNP标记及其应用

说明书

本发明提供了一组渤海三疣梭子蟹原种的SNP标记及其应用。所述SNP标记包括SNP3047GA、SNP115TG、SNP189GA、SNP1889GA、SNP1646CA、SNP309GT、SNP2167CT、SNP606GC、SNP755TC、SNP1078CT、SNP1337CT、SNP1765GA。本发明所提供的SNP标记具有准确高效的特点，可以组合使用应用于渤海三疣梭子蟹种质资源现状的调查研究以及原种标记和保育。

技术领域

本发明涉及SNP标记及其应用，具体地说是涉及渤海三疣梭子蟹原种的SNP标记及其应用。

背景技术

三疣梭子蟹(Portunustrituberculatus)是中国海洋渔业和海水养殖业中重要的经济蟹类，广泛分布于东南亚沿海地区，包括中国、韩国、日本和其他海域，具有很高的商业价值。渤海作为其中一个半封闭海域，种质资源丰富。它拥有我国目前唯一一家国家级三疣梭子蟹原种场，对养护渤海三疣梭子蟹种质资源、推进三疣梭子蟹生态健康养殖、促进渔民增收致富发挥着重要的作用。然而，近年来过度捕捞和环境污染使渤海三疣梭子蟹野生资源急剧下降，同时也导致了某些地理种群的遗传多样性下降，使得三疣梭子蟹原种种质资源逐渐退化，加大了原种保育难度。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)主要是指由于单个核苷酸的变异而引起基因组水平上DNA序列多态性，形式包括单碱基的缺失、插入、转换及颠换等。存在于编码区及其邻近调控序列的SNP变异，有可能使基因的表达产物或表达水平发生改变，因而成为研究基因组多态性以及进行疾病和生长、繁殖性能等相关基因识别和定位的一种新工具。与其它分子标记技术相比较，SSR标记具有以下特点：1.SNP是基于单核苷酸的突变，突变频率较低，遗传稳定性相对较高；2.位点丰富且分布广泛，可以在任何已知或未知的基因内及其附近找到SNP位点；3.多态性高；4.具有二态性和等位基因性，在任何种群中其等位基因频率都可估计出来；5.检测快速，易实现自动化分析。

目前，SNP分子标记在水产动物遗传与育种中广泛应用，如南美白对虾(Litopenaeusvannamei,Yu et al,2014)、拟穴青蟹(Scylla paramamosain,马洪雨等,2011)和三疣梭子蟹(P.trituberculatus,张德宁等,2015)。但是，由于水产养殖动物的经济性状基本都是数量性状，识别与重要性状相关的SNP仍然很困难，SNP分子标记与性状的关联性分析还处于初级阶段，有关的研究结果在真正应用到遗传育种的设计之前还有待进一步验证或证实。前期研究主要集中在遗传多样性分析及遗传连锁图谱的构建等方面，SNP分子标记在三疣梭子蟹中的应用，其一是在其他海域，而非渤海，并且其只对三疣梭子蟹表型与基因型进行了关联，而并未对种质资源进行研究。迄今尚未有关于三疣梭子蟹原种SNP分子标记的报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一组渤海三疣梭子蟹原种的SNP标记及其应用。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

本发明提供了一组渤海三疣梭子蟹原种的SNP标记，所述SNP标记包括SNP3047GA、SNP115TG、SNP189GA、SNP1889GA、SNP1646CA、SNP309GT、SNP2167CT、SNP606GC、SNP755TC、SNP1078CT、SNP1337CT、SNP1765GA，其中：

所述SNP3047GA位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的第131位，位点为G/A；

所述SNP115TG位于如SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列的第59位，位点为T/G；

所述SNP189GA位于如SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列的第149位，位点为G/A；

所述SNP1889GA位于如SEQ ID NO.4所示的核苷酸序列的第134位，位点为G/A；

所述SNP1646CA位于如SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列的第92位，位点为C/A；