[发明专利]与海雀稗耐币斑病性状相关的SNP标记及其应用

说明书

本发明公开了与海雀稗耐币斑病性状相关的SNP标记及其应用，所述SNP标记位于如SEQ ID NO.1所示序列的第401bp处，具有A/G多态性；本发明提供的SNP标记对海雀稗币斑病抗性高低具有关键调控作用，基于该SNP标记可预测或筛选鉴定海雀稗币斑病的抗性，也可用作图位克隆和分子标记辅助选择，加速海雀稗耐币斑病材料的育种进程。

技术领域

本发明属于植物分子育种技术领域，具体涉及一种与海雀稗耐币斑病性状相关的SNP标记及其应用。

背景技术

海雀稗(Paspalum vaginatum Sw.)又称海滨雀稗或夏威夷草，是被子植物门单子叶植物纲禾本科黍族雀稗属的多年生草本植物，主要分布于热带和亚热带的海滨地区，有长势发达的匍匐茎和根茎，叶片线形或狭披针形，其形成的草坪均一致密、色泽墨绿，是绿地草坪和运动场草坪的优良草种。币斑病在海雀稗上发作较为频繁，是影响草坪草的重要病害之一，币斑病严重破坏草坪美观度和功能性，并导致杂草侵蚀和植物死亡。币斑病常发生于夜晚温度较低、露水较多的时间段，发病草坪在感染币斑病后，会出现像硬币大小的圆形、凹陷的稻草色斑块，病情严重时会产生更大的不规则的斑块。在单株植物感染时，叶片会出现水渍状的病斑，病斑周围会出现红褐色的条带，叶片因病斑的快速扩展而迅速死亡。

币斑病对全球草坪草的破坏性日益严重，带来的治理问题也愈发突出，化学杀菌剂的大量使用不仅使草坪草管理上花费巨额资金，也严重破坏生态环境，目前全球范围的币斑病原菌都陆续被报道产生对杀菌剂产生抗性，形成了恶性循环，因此选育抗币斑病的海雀稗品种是最为环保和有效的手段。

全基因组关联分析(Genome-wide association analysis,GWAS)是基于连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)，以群体的单核酸多态性(Single nucleotidepolymorphism,SNP)作为分子遗传标记，依据表型与全基因组的关联性，寻找和目标性状关联的遗传标记和候选基因。GWAS已经成为解析复杂性状遗传变异的有效手段。

发明内容

有鉴于此，本发明旨在基于全基因组关联分析发掘与海雀稗耐币斑病性状相关的分子标记，以期辅助实现强耐币斑病性状的海雀稗品种的有效筛选，加速海雀稗育种进程。

为了实现上述目的，本发明的技术方案具体如下：

本发明第一方面提供了一种与海雀稗耐币斑病性状相关的SNP标记，该SNP标记位于如SEQ ID NO.1所示序列自5’端起的第401bp处，具有A/G多态性；具体的，该SNP标记位于海雀稗基因组第6号染色体第4618003位核苷酸，故将该标记命名为Pv.chr06:p4618003。

用于检测上述SNP标记的引物也属于本发明的保护范围，可以理解的是，所述引物可以是基于引物扩增受阻突变技术设计的直接检测SNP位点处碱基类型的引物，也可以是扩增包含该SNP标记在内的目标序列的引物。

本发明第二方面提供了上述SNP标记或引物的应用，包括A1)或A2)

A1)在检测或鉴定海雀稗耐币斑病性状中的应用；

A2)在海雀稗育种中的应用。

本发明第三方面提供了检测海雀稗耐币斑病性状的方法，具体为：检测待测材料在本发明提供的SNP标记处的基因型，且耐币斑病能力大小与所述基因型的关系为GG﹥AG﹥AA；具体的：当待测海雀稗的SNP标记处的基因型为GG时，该海雀稗为强耐币斑病性品种；当待测海雀稗的SNP标记处的基因型为AG时，该海雀稗为中等耐币斑病性品种；当待测海雀稗的SNP标记处的基因型为AA时，该海雀稗为不耐币斑病性品种。

在上述检测方法中，所述基因型的检测过程为：以待测海雀稗材料的基因组为模板，扩增包含所述SNP标记的目标片段并进行测序，或直接对基因组DNA进行重测序。