[发明专利]一种隐球菌的鉴定方法、引物对及试剂盒在审
申请号: | 202310180771.2 | 申请日: | 2023-02-17 |
公开(公告)号: | CN116356064A | 公开(公告)日: | 2023-06-30 |
发明(设计)人: | 薛新颖;张力烨;王晨;赵晟;唐玮;贺文聪 | 申请(专利权)人: | 首都医科大学附属北京世纪坛医院 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/686;C12Q1/04;C12N15/11;C12R1/645 |
代理公司: | 北京龙双利达知识产权代理有限公司 11329 | 代理人: | 毛威;肖鹂 |
地址: | 100038 北*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 球菌 鉴定 方法 引物 试剂盒 | ||
1.一种隐球菌的鉴定方法,其特征在于,所述方法包括:
获取待测样本的基因组DNA;
通过聚合酶链式反应PCR对所述基因组DNA的URA5基因和/或SOD1基因进行扩增以获取扩增产物;
对所述扩增产物进行sanger测序;
根据所述URA5基因和/或所述SOD1基因的测序结果确定所述隐球菌的类型。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述隐球菌的类型包括VGIc型隐球菌、VGId型隐球菌以及野生型隐球菌。
3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于,所述URA5基因和/或所述SOD1基因的测序结果包括:
所述URA5基因和/或所述SOD1基因位点的序列。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述位点包括所述URA5基因的353位点、所述SOD1基因的54位点或所述SOD1基因的457位点中的至少一个。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法,其特征在于,所述确定所述隐球菌的类型包括:
在所述URA5基因的353位点为鸟嘌呤G的情况下,确定所述隐球菌为VGIc型隐球菌。
6.根据权利要求1-4中任一项所述的方法,其特征在于,所述确定所述隐球菌的类型包括:
在所述SOD1基因的54位点为胸腺嘧啶T,且所述SOD1基因的457位点为胞嘧啶C的情况下,确定所述隐球菌为VGId型隐球菌。
7.根据权利要求1-4中任一项所述的方法,其特征在于,所述确定所述隐球菌的类型包括:
在所述URA5基因的353位点为腺嘌呤A、胞嘧啶C或胸腺嘧啶T的情况下;或
在所述SOD1基因的54位点为腺嘌呤A、胞嘧啶C或鸟嘌呤G的情况下;或
在所述SOD1基因的457位点为腺嘌呤A、胸腺嘧啶T或鸟嘌呤G的情况下,确定所述隐球菌为野生型隐球菌。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法,其特征在于,所述PCR反应物包括:URA5正向引物与URA5反向引物,和/或SOD1正向引物与SOD1反向引物;其中,所述URA5正向引物的核苷酸序列如Seq ID No.1所示,所述URA5反向引物的核苷酸序列如Seq ID No.2所示,所述SOD1正向引物的核苷酸序列如Seq ID No.3所示,所述SOD1反向引物为的核苷酸序列如SeqID No.4所示。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法,其特征在于,在获取所述扩增产物后,所述方法还包括:
确认所述URA5基因和/或所述SOD1基因扩增成功。
10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,通过凝胶电泳法确认所述URA5基因和/或所述SOD1基因扩增成功。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法,其特征在于,所述获取待测样本的基因组DNA包括:
通过液氮研磨法研磨所述待测样本;
通过标准酚氯仿法提取所述基因组DNA。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法,其特征在于,所述待测样本包括血液和/或体液。
13.一种鉴定隐球菌的引物对,其特征在于,所述引物对包括第一引物对和/或第二引物对,其中第一引物对包括第一正向引物和第一反向引物,第二引物对包括第二正向引物和第二反向引物,所述第一正向引物的核苷酸序列如Seq ID No.1所示,所述第一反向引物的核苷酸序列如Seq ID No.2所示,所述第二正向引物的核苷酸序列如Seq ID No.3所示,所述第二反向引物的核苷酸序列如Seq ID No.4所示。
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