[发明专利]一种包含67个高效能常染色体微单倍型的遗传标记体系及其检测引物和应用

说明书

本发明公开了一种包含67个高效能常染色体微单倍型的遗传标记体系及其检测引物和应用。该遗传标记体系mh01ZL‑014、mh01ZL‑015、mh01ZL‑016、mh01ZL‑017、mh01ZL‑018、mh01ZL‑019、mh01ZL‑020、mh02ZL‑011、mh02ZL‑012、mh02ZL‑013、mh02ZL‑014、mh02ZL‑015、mh02ZL‑016、mh02ZL‑017、mh02ZL‑018、mh02ZL‑019、mh02ZL‑020、mh03ZL‑009等67个位点。本发明在传统微单倍型筛选的基础上，将InDels纳入微单倍型中进行全基因组的筛选，构建的遗传标记体系具有无扩增偏差、片段短、扩增子短、突变率低等优点，用于法医检测的个体识别，亲缘关系分析，混合样本的检测时，具有很好的应用潜力。

技术领域

本发明属于法医学鉴定技术领域，具体涉及一种包含67个高效能常染色体微单倍型的遗传标记体系及其检测引物和应用。

背景技术

微单倍型(Microhaplotype，MHs)遗传标记，为Kidd教授等人2013年首次提出，其定义为基因组中片段长度在300bp以内，包含2个及以上紧密分布的SNP(singlenucleotide polymorphisms，单核苷酸多态性)的区域。有效等位基因数目(Effectivenumber of alleles,A_e)是指一个MHs位点上基因频率相等或相近的等位基因的数目，A_e的值越大，MHs多态性程度越大。与STR(short tandem repeat，短串联重复序列)、SNP相比，MHs具有数量多、分布广、多态性较好、突变率较低、重组率较低、无优势扩增、扩增子片段短以及不会产生stutter峰等特点。MHs兼具STR和SNP的优势，在混合样本分析，生物地理学祖先推断，复杂亲缘关系鉴定等法医学领域展现出巨大的应用潜力。

DIP或InDel(Deletion/Insertion Polymorphism，缺失/插入多态性)在很多特性上与SNP相似，突变率较低，且一旦发生突变后不容易再次突变，扩增子片段可以小于200bp且不会产生stutter峰，可携带祖先信息等。在筛选MHs的过程中，往往会发现多个紧密相连的SNP之间存在一个或者多个InDel，此时去除InDel保留SNP，将导致MHs断开，大大减少MHs的多态性。因此，我们认为可以将InDel纳入MHs的广义范畴内，这样不仅保留了MHs的主要优势，而且能够扩大筛选位点数量，在一定程度上增大了可筛选的MHs的多态性。综上所述，我们认为在300bp片段长度范围内，由2个及2个以上紧密分布的SNP或者InDel组成的遗传标记可以认为是广义的MHs微单倍型。

在法医遗传学上，复杂亲缘关系鉴定问题至今还未能得到很好的解决。比如Sun等人针对中国南北方群体筛选出新的30个微单倍型位点，与6个之前报道的位点共同构建了基于二代测序平台的MHs体系，其平均A_e值3.8，目标片段长度区间在63-419bp。使用19个STR位点在55对叔侄或祖孙样本亲缘关系鉴定中有2例错误，7例无法排除。

发明内容

针对现有技术中的上述不足，本发明提供一种包含67个高效能常染色体微单倍型的遗传标记体系及其检测引物和应用，本发明在传统微单倍型筛选的基础上，将InDels纳入微单倍型中进行全基因组的筛选，构建的遗传标记体系具有无扩增偏差、无stutter峰、片段短、扩增子短、突变率低、重组率低、多态性高的优点。本发明构建的遗传标记组合能够有效的用于法医检测，具有良好的重复性、极高的灵敏度、稳定性和系统效能高，且用于法医检测的个体识别，亲缘关系分析，混合样本的检测具有很好的应用潜力。

为实现上述目的，本发明解决其技术问题所采用的技术方案是：

一种包含67个高效能常染色体微单倍型的遗传标记体系，该遗传标记体系包括的位点信息如表1所示。

表1 67个微单倍型遗传标记的具体信息