[发明专利]用于高通量测序的HRD panel位点选择优化方法及系统

说明书

本申请涉及用于高通量测序的HRD panel位点选择优化方法及系统，所述方法包括：生成候选SNP位点库；以候选SNP位点库为基础，按照以下方法选择与优化候选HRD panel位点：对所述初始候选panel位点进行连锁不平衡分析，并循环调换优化位点，直到组成panel的位点间不存在连锁不平衡；对以上生成的panel位点，对所述panel位点及其周围区域进行覆盖度预测打分，并循环调换优化位点，直到最后panel的位点组合满足不存在连锁不平衡，且panel位点及其周围区域的覆盖度预测打分结果为100%，获得HRD panel位点。本申请提高所设计的较大panel的精准性，保证panel探针性能较优。

技术领域

本申请涉及高通量测序领域，尤其是涉及一种用于高通量测序的HRD panel位点选择优化方法及系统。

背景技术

高通量测序（即NGS）技术由于其通量高性价比高，可以获得较全面的基因组信息等特点，在遗传疾病检测以及肿瘤标志物检测中发挥着越来越重要的作用，市面上也诞生了很多针对不同遗传病和肿瘤类型、不同肿瘤标志物类型、不同检测目的、不同检测策略的NGS检测panel。

这些panel的设计基于不同的目的和原则，临床还是科研，前瞻性研究还是回顾性研究，检测遗传病还是肿瘤，拥有不同的位点筛选原则，对panel的位点选择和探针设计提出了很高的挑战，但不管是何种NGS panel，高质量的panel都有一些基本的共同点，比如都想要获得尽可能高的覆盖率与均一性，探针设计的特异性要好，与目标基因组的同源性要低，探针形成二聚体的概率要低，panel的GC含量要适宜等。

现有的大部分panel设计都是基于NGS实验经验进行的（所述经验也是研究者进行大量的手动梳理筛选才得到的），但是当有多个备选位点和位点组合panel时，现有方式并没有系统的筛选与模拟验证流程，无法最优的确认筛选哪些备选位点和哪些位点panel组合更好，无法保证最后选定的panel结果的精准性与panel探针性能最优，因而可能会导致panel设计位点耗时耗力结果却不好，造成时间与物资的浪费；即使现有技术中可以通过手工的方式对探针进行优化和挑选，使用软件预测对比，从而更改panel位点组合，但是如果所设计的panel比较大，检测位点较多，需要上万条以上的探针数目时，一个个手工对探针进行优化和挑选，再使用软件预测对比，更改panel位点组合时，其工作量将变得十分繁琐与庞大。

发明内容

为了提高所设计的较大panel的精准性，同时保证panel探针性能较优，节约时间和物资，本申请提供一种用于高通量测序的HRD panel位点选择优化方法及系统。

第一方面，本申请提供的一种用于高通量测序的HRD panel位点选择优化方法采用如下的技术方案：

一种用于高通量测序的HRD panel位点选择优化方法，包括以下步骤：

生成候选SNP位点库；

以所述候选SNP位点库为基础，按照以下方法选择与优化候选HRD panel位点：

在所述候选SNP位点库中随机挑选位点组合成初始候选panel位点；

对所述初始候选panel位点进行连锁不平衡分析，并循环调换优化位点，直到组成panel的位点间不存在连锁不平衡；

对于上一步生成的panel位点，对所述panel位点及其周围区域进行覆盖度预测打分，并循环调换优化位点，直到最后panel的位点组合满足不存在连锁不平衡，同时panel位点及其周围区域的覆盖度预测打分结果为100%，获得用于高通量测序的HRD panel位点。